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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】水盒子问题 已有12人参与

文献中加的是spc水溶液,和自己建的有什么不同?namd中本身就自带这种类型的水吗,我现在还没用namd
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shijipei

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不同模型的水分子用的参数文件不同,只要在参数文件中改为自己谁模型的参数就可以了
希望在这里可以学到更多知识,大家多指教哦。
17楼2014-04-24 10:24:14
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chenshixua

木虫 (正式写手)

这个真的不清楚,抱歉
2楼2010-05-16 10:27:28
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574384607

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by chenshixua at 2010-05-16 10:27:28:
这个真的不清楚,抱歉

thank you all the same
3楼2010-05-16 10:56:34
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
574384607(金币+1): 2010-05-16 11:01:14
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-16 16:59:36
namd (准确说是vmd) 默认添加的是tip3p, 这个和spc 力场极为相似只有几个参数的不同
如果用charmm 力场, 推荐使用tip3p, 因为charmm 力场的参数是在tip3p 下拟合得到的, 这个最准确
4楼2010-05-16 10:57:05
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