| 查看: 5684 | 回复: 9 | ||
[求助]
请教做MD计算时，蛋白质分子有一部分跑出水盒子
|
|
蛋白质分子水溶剂中的分子动力学计算。 用solvateOct 给初始结构加了一个八面体的水盒子。溶剂厚度是 9 埃（12的也试了）。 进行minization之后，在对溶剂做平衡化计算后，通过VMD观看发现蛋白质分子有部分跑出水盒子。 如图：  后来试着用solvateBox 加了一个同样厚度为9的六面体水盒子，用同样的输入文件计算后，蛋白质分子没有跑出来。 到底是怎么回事 ？难道在用八面体的时候还有别的设定要加么？ 下面贴初我的输入文件 ＃min.mdin &cntrl imin = 1, cut = 9.0, igb =0, ntb =1, ncyc = 200, maxcyc = 1000, ntc = 1, ntf =1, / # solvent_relax.mdin olvent equilibration for 10ps &cntrl nstlim = 50000, dt = 0.002, ntt = 1, ntb = 2, ntp = 1, temp0 = 300, ntc = 2, ntf = 2, ntpr = 1, ntwx = 1, iwrap = 1, ntr = 1, restraint_wt = 20.0 restraintmask = ' :1-142', / |
回复此楼» 猜你喜欢
复试调剂
已经有7人回复
-
一志愿北京化工085600 310分求调剂
已经有13人回复
-
085600，专业课化工原理，320分求调剂
已经有10人回复
-
288求调剂
已经有5人回复
-
0703化学321分求调剂
已经有16人回复
-
318求调剂
已经有13人回复
-
一志愿南航，数一英一学硕317求调剂！！
已经有5人回复
-
一志愿9材料学硕297已过六级求调剂推荐
已经有11人回复
-
085602调剂 初试总分335
已经有5人回复
-
302分 085601求调剂推荐
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- western blot中蛋白质转印问题
已经有17人回复
- 新手提RNA，请教几个问题
已经有8人回复
- 凝胶层析上样问题
已经有11人回复
- 有做蛋白质分子印迹的同学么？这玩意可靠么？
已经有11人回复
- 新手想知道如何用Amber做蛋白质分子固定某两个或多个氨基酸距离的MD计算
已经有4人回复
- 诚招有分子生物学及蛋白质表达纯化背景的博士一年级同学到美国来做抗体engineering
已经有16人回复
- 请教高手 电泳为什么是蛋白质小分子跑在最下面
已经有10人回复
- 【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs
已经有6人回复
- 【求助】请教塑料和蛋白质什么区别？
已经有11人回复
- 【求助/交流】请教一个his-tag蛋白质纯化问题
已经有9人回复
- 【求助/交流】请教多个蛋白质序列比对显示保守区域的问题
已经有9人回复
- 【求助】水盒子问题
已经有17人回复
- 【求助/交流】有没有能做植物蛋白质组学试验
已经有13人回复
- 【求助】做MD时，溶剂盒子应该加多大算合适呢？
已经有6人回复
zheng-zh
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 17.4
- 帖子: 219
- 在线: 240.1小时
- 虫号: 1338603
- 注册: 2011-07-06
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2011-08-05 07:37:27
3楼2011-08-05 14:04:17
liqingwen
木虫 (正式写手)
独行者
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1272.9
- 散金: 121
- 红花: 3
- 帖子: 406
- 在线: 156.6小时
- 虫号: 777960
- 注册: 2009-05-23
- 专业: 理论和计算化学
4楼2011-08-06 12:13:19
5楼2011-08-06 16:12:06
|
1，初始态蛋白分子在水盒子里，能量最小化（maxcyc=1000）后，还完全在水盒子里面。 固定溶质对溶媒做完平衡化计算后（solvent equilibration for 10ps，nstlim=50000）,用VMD导入mdcrd观看发现从nstep1开始就已经跑出来了，很奇怪！（个人觉得要是跑出来也该慢慢跑出啊，第一步就跑出不能理解，怀疑我哪里做错了，因为我是新手没经验，input文件都是按教程来写的） 2，如何检查周期性边界中心是否在体系中心？ 3，蛋白分子跑出来之后，后面的productionMD计算结束后(时间5ns，更长的计算没有进行怕前面要是有问题后面就白做了。)，还在外面没有回到水盒子里的迹象。 |
6楼2011-08-08 11:15:51
liqingwen
木虫 (正式写手)
独行者
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1272.9
- 散金: 121
- 红花: 3
- 帖子: 406
- 在线: 156.6小时
- 虫号: 777960
- 注册: 2009-05-23
- 专业: 理论和计算化学
7楼2011-08-10 12:03:34
8楼2013-04-06 15:36:04
hubenben1989
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 191.5
- 帖子: 15
- 在线: 6.9小时
- 虫号: 1575545
- 注册: 2012-01-12
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
|
VMD的软件可以直接到官网上下载。地址是：http://www.ks.uiuc.edu/Developme ... cgi?PackageName=VMD。首次下载时随便拿个邮箱注册下就行了。Windows版本的，像安装QQ什么的安装就行了。要是你需要的是LINUX版本的，我可以发给你，也可以告诉你怎么安装。  |
9楼2013-04-07 09:53:12
10楼2014-09-23 14:29:47
