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jackyma

新虫 (小有名气)

[求助] 请教做MD计算时，蛋白质分子有一部分跑出水盒子

蛋白质分子水溶剂中的分子动力学计算。
用solvateOct 给初始结构加了一个八面体的水盒子。溶剂厚度是 9 埃（12的也试了）。
进行minization之后，在对溶剂做平衡化计算后，通过VMD观看发现蛋白质分子有部分跑出水盒子。
如图：

后来试着用solvateBox 加了一个同样厚度为9的六面体水盒子，用同样的输入文件计算后，蛋白质分子没有跑出来。
到底是怎么回事 ？难道在用八面体的时候还有别的设定要加么？
下面贴初我的输入文件
＃min.mdin
&cntrl
    imin = 1, cut = 9.0, igb =0,
    ntb =1,
    ncyc = 200, maxcyc = 1000,
    ntc = 1, ntf =1,
/

# solvent_relax.mdin
olvent equilibration for 10ps
&cntrl
    nstlim = 50000, dt = 0.002,
    ntt = 1, ntb = 2, ntp = 1,
    temp0 = 300,
    ntc = 2, ntf = 2,
    ntpr = 1, ntwx = 1,
    iwrap = 1,
    ntr = 1,
    restraint_wt = 20.0
    restraintmask = ' :1-142',
/
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1楼2011-08-04 15:46:09
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zheng-zh

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jackyma(金币+2): 谢谢赐教! 2011-08-05 14:01:50
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-06 09:39:29
不是问题，因为你用了周期性边界条件，后来你是恰巧看到的蛋白没跑出来，继续做！如果最后的结果需要蛋白在中心，可以用AMBERTOOL的命令完成！
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spacezh
2楼2011-08-05 07:37:27
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jackyma

新虫 (小有名气)
谢谢楼上朋友的回答。
我可否这样理解：因为我用了周期边界条件，所以蛋白分子露出部分的水分子都跑到相反方向那边导致蛋白分子跑出水盒子？
还有疑问不明白，就是为什么用六面体的水盒子，同样的设定，同样的计算时间，蛋白分子也不会跑出来？能否解释一下？用八面体的时候第一步solvent_relax计算后就出现蛋白分子跑出来了/
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3楼2011-08-05 14:04:17
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liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-08-09 11:10:26
jackyma(金币+1): 谢谢，如何检查体系中心在不在周期边界中心。 2011-11-05 00:20:18
（1）你加完八面体的水盒子后，确定没跑之前蛋白质是在水体里面的吗？
（2）如果在，你检查一下周期性边界条件的中心是不是在体系的中心。
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没有雨伞的孩子只能奔跑！
4楼2011-08-06 12:13:19
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

jackyma(金币+1): 谢谢赐教! 2011-10-11 15:33:13
1、您自己的初始态保证尽量在盒子里面（因为这样设置初始态简单）
2、如果是模拟过程中出现这种情况可以不予理会，因为你已经加上周期边界效应
在VMD里你可以多显示几个周期就可以看出效果了
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5楼2011-08-06 16:12:06
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jackyma

新虫 (小有名气)
1，初始态蛋白分子在水盒子里，能量最小化（maxcyc=1000）后，还完全在水盒子里面。
固定溶质对溶媒做完平衡化计算后（solvent equilibration for 10ps，nstlim=50000）,用VMD导入mdcrd观看发现从nstep1开始就已经跑出来了，很奇怪！（个人觉得要是跑出来也该慢慢跑出啊，第一步就跑出不能理解，怀疑我哪里做错了，因为我是新手没经验，input文件都是按教程来写的）
2，如何检查周期性边界中心是否在体系中心？
3，蛋白分子跑出来之后，后面的productionMD计算结束后(时间5ns，更长的计算没有进行怕前面要是有问题后面就白做了。)，还在外面没有回到水盒子里的迹象。
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6楼2011-08-08 11:15:51
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liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-08-10 20:59:39
jackyma(金币+1): 谢谢回复，追问一下，如何measure体系中心？在leap里用命令测，还是在MD阶段在input文件里指定参数？ 2011-10-11 15:32:00
"如何检查周期性边界中心是否在体系中心？"
可以measure一下体系的中心，看是否是PBC的中心。
PS：你事先不知道不知道体系的中心，那你PBC的中心是如何确定的呢？

再者，没解决蛋白质跑出来的问题前，不做长时间的MD是比较理智的，呵呵
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没有雨伞的孩子只能奔跑！
7楼2011-08-10 12:03:34
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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)
lz,你好，可否把你的VMD的软件给我发一份？我之前安装的好像有问题，谢谢
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我们之所以战斗，不是为了改变世界，而是为了不让世界改变我们。
8楼2013-04-06 15:36:04
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hubenben1989

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 白云鹤TJY at 2013-04-06 15:36:04
lz,你好，可否把你的VMD的软件给我发一份？我之前安装的好像有问题，谢谢

VMD的软件可以直接到官网上下载。地址是：http://www.ks.uiuc.edu/Developme ... cgi?PackageName=VMD。首次下载时随便拿个邮箱注册下就行了。Windows版本的，像安装QQ什么的安装就行了。要是你需要的是LINUX版本的，我可以发给你，也可以告诉你怎么安装。
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9楼2013-04-07 09:53:12
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mr_eleven

铁虫 (初入文坛)
请问怎么做水盒子？
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10楼2014-09-23 14:29:47
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