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请教做MD计算时，蛋白质分子有一部分跑出水盒子
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蛋白质分子水溶剂中的分子动力学计算。 用solvateOct 给初始结构加了一个八面体的水盒子。溶剂厚度是 9 埃（12的也试了）。 进行minization之后，在对溶剂做平衡化计算后，通过VMD观看发现蛋白质分子有部分跑出水盒子。 如图：  后来试着用solvateBox 加了一个同样厚度为9的六面体水盒子，用同样的输入文件计算后，蛋白质分子没有跑出来。 到底是怎么回事 ？难道在用八面体的时候还有别的设定要加么？ 下面贴初我的输入文件 ＃min.mdin &cntrl imin = 1, cut = 9.0, igb =0, ntb =1, ncyc = 200, maxcyc = 1000, ntc = 1, ntf =1, / # solvent_relax.mdin olvent equilibration for 10ps &cntrl nstlim = 50000, dt = 0.002, ntt = 1, ntb = 2, ntp = 1, temp0 = 300, ntc = 2, ntf = 2, ntpr = 1, ntwx = 1, iwrap = 1, ntr = 1, restraint_wt = 20.0 restraintmask = ' :1-142', / |
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1，初始态蛋白分子在水盒子里，能量最小化（maxcyc=1000）后，还完全在水盒子里面。 固定溶质对溶媒做完平衡化计算后（solvent equilibration for 10ps，nstlim=50000）,用VMD导入mdcrd观看发现从nstep1开始就已经跑出来了，很奇怪！（个人觉得要是跑出来也该慢慢跑出啊，第一步就跑出不能理解，怀疑我哪里做错了，因为我是新手没经验，input文件都是按教程来写的） 2，如何检查周期性边界中心是否在体系中心？ 3，蛋白分子跑出来之后，后面的productionMD计算结束后(时间5ns，更长的计算没有进行怕前面要是有问题后面就白做了。)，还在外面没有回到水盒子里的迹象。 |
6楼2011-08-08 11:15:51
liqingwen
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VMD的软件可以直接到官网上下载。地址是：http://www.ks.uiuc.edu/Developme ... cgi?PackageName=VMD。首次下载时随便拿个邮箱注册下就行了。Windows版本的，像安装QQ什么的安装就行了。要是你需要的是LINUX版本的，我可以发给你，也可以告诉你怎么安装。  |
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