应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs
南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
71/1返回列表
查看: 2875  |  回复: 6
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

patent

至尊木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs

俺用gromacs作蛋白质的动力学，把蛋白质放进盒子里，再加水

但用VMD查看时发现整个盒子并没有充满水，有一半是空的，水也没有全部在盒子里，有一半在盒子外面。且蛋白质的一部分在水的外面(图中圆圈部分)，这是为什么呢？与周期性边界有关吗？这样对模拟结果有影响吗？怎样才能使整个盒子充满水？
加盒子命令为：editconf -bt dodecahedron -f trp.gro -o trp.gro -c -d 1.0

谢谢!!!


[ Last edited by patent on 2011-3-9 at 09:35 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

xuexijisuan

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2011-03-09 08:47:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-09 14:04:50
patent(金币+10): 谢谢 2011-03-13 17:52:18
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-11 21:05:58
在你将蛋白质加入盒子之后，最好将其移动到盒子中心，可以通过editconf -f **.gro -translate a b c -o **.gro （表示向xyz方向分别移动a b c nm）来实现，然后你再加水试试，另外，我认为最好是将蛋白质都置于水环境中，还有就是由于存在周期边界条件，是不是你的盒子应该大一点从而避免周期边界条件产生的影响呢~
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-03-09 09:33:58
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-11 11:57:38
patent(金币+10): Thank You 2011-03-13 17:52:53
引用回帖:
Originally posted by patent at 2011-03-09 08:47:47:
俺用gromacs作蛋白质的动力学，把蛋白质放进盒子里，再加水

但用VMD查看时发现整个盒子并没有充满水，有一半是空的，水也没有全部在盒子里，有一半在盒子外面。且蛋白质的一部分在水的外面(图中圆圈部分)，这是 ...

没有关系的，因为你选的是dodecahedron，vmd默认是显示不出真实情况的，实际上你的蛋白在盒子中央，而且充满水。接着做就是了
赞一下(4人) 回复此楼
3楼2011-03-11 03:05:45
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

591551904

木虫 (小有名气)
学习了
回复此楼
4楼2011-03-11 09:25:36
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-03-11 03:05:45:
没有关系的，因为你选的是dodecahedron，vmd默认是显示不出真实情况的，实际上你的蛋白在盒子中央，而且充满水。接着做就是了

弱问一下什么是dodecahedron
赞一下 回复此楼
5楼2011-03-11 09:54:07
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

patent

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-11 09:54:07:
弱问一下什么是dodecahedron

等边十二面体

这样的盒子接近于球体，体积小，可以减少计算量

[ Last edited by patent on 2011-3-11 at 10:03 ]
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-03-11 10:02:03
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-03-11 03:05:45
没有关系的，因为你选的是dodecahedron，vmd默认是显示不出真实情况的，实际上你的蛋白在盒子中央，而且充满水。接着做就是了...

大神！！！
回复此楼
7楼2015-01-16 15:33:20
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 patent 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭