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patent至尊木虫 (正式写手)
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【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs
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俺用gromacs作蛋白质的动力学，把蛋白质放进盒子里，再加水 但用VMD查看时发现整个盒子并没有充满水，有一半是空的，水也没有全部在盒子里，有一半在盒子外面。且蛋白质的一部分在水的外面(图中圆圈部分)，这是为什么呢？与周期性边界有关吗？这样对模拟结果有影响吗？怎样才能使整个盒子充满水？ 加盒子命令为：editconf -bt dodecahedron -f trp.gro -o trp.gro -c -d 1.0 谢谢!!!  [ Last edited by patent on 2011-3-9 at 09:35 ] |
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ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-09 14:04:50
patent(金币+10): 谢谢 2011-03-13 17:52:18
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-11 21:05:58
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-09 14:04:50
patent(金币+10): 谢谢 2011-03-13 17:52:18
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-11 21:05:58
| 在你将蛋白质加入盒子之后，最好将其移动到盒子中心，可以通过editconf -f **.gro -translate a b c -o **.gro （表示向xyz方向分别移动a b c nm）来实现，然后你再加水试试，另外，我认为最好是将蛋白质都置于水环境中，还有就是由于存在周期边界条件，是不是你的盒子应该大一点从而避免周期边界条件产生的影响呢~ |
2楼2011-03-09 09:33:58
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