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mjjwhs

新虫 (小有名气)

[求助] discover模拟,分子跑到盒子外面怎么办

在用discover模拟是,轨迹中不少分子跑到了盒子外面,怎么让它们回去呢?

这里的关键是,我想处理1000帧,所以要写MS scripting脚本,应该用什么命令呢?请高手给予指点,谢谢了!
一般的ms perl脚本我都能写,但这个确实不知道怎么处理了。
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MS 吸附模拟

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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mjjwhs: 金币+4, 有帮助 2012-04-29 15:00:35
zh1987hs: 金币+2, thank you 2012-04-29 15:05:46
你所说的分子是小分子还是单个原子?我在模拟酸性体系下的吸附时,H+会跑掉,但其他都还好。试试在建层的时候,层上面不留真空。另外,好像有文献中提到通过建多层来解决。就是一个层中的跑出去的话,再让另一层的填充进去,但具体怎么实现,我还没搞懂
自强不息
2楼2012-04-29 14:33:08
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mjjwhs

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by caijj09 at 2012-04-29 14:33:08:
你所说的分子是小分子还是单个原子?我在模拟酸性体系下的吸附时,H+会跑掉,但其他都还好。试试在建层的时候,层上面不留真空。另外,好像有文献中提到通过建多层来解决。就是一个层中的跑出去的话,再让另一层的 ...

体系是溶质加溶剂体系。我的意思是这样的,就是溶剂小分子已经跑到了外面,我可以通过平移来把它放到原来的盒子里,现在的问题是这个平移操作怎么做。当然可以平移跑出去的分子,不过有些麻烦,但现在来看我只能这样做了。谢谢你的回答
3楼2012-04-29 15:04:11
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
mjjwhs: 金币+3, 有帮助 2012-04-30 08:51:14
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-30 09:07:43
引用回帖:
3楼: Originally posted by mjjwhs at 2012-04-29 15:04:11:
体系是溶质加溶剂体系。我的意思是这样的,就是溶剂小分子已经跑到了外面,我可以通过平移来把它放到原来的盒子里,现在的问题是这个平移操作怎么做。当然可以平移跑出去的分子,不过有些麻烦,但现在来看我只能 ...

你只是要将跑出去的原子,分子再移回来?  那你选择这些跑出去的原子,或者分子,然后 shift+ alt  +鼠标右键, 移动鼠标即可将原子移回去。但这样移动有意义么?
自强不息
4楼2012-04-29 21:18:42
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mjjwhs

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by caijj09 at 2012-04-29 21:18:42:
你只是要将跑出去的原子,分子再移回来?  那你选择这些跑出去的原子,或者分子,然后 shift+ alt  +鼠标右键, 移动鼠标即可将原子移回去。但这样移动有意义么?

我是做对应的平移,比如盒子为50*50*50,分子质心在(52,53,60)那么要把它移动到(2,3,10)处,不是随便移动的
5楼2012-04-30 08:53:27
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mjjwhs

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by mjjwhs at 2012-04-30 08:53:27:
我是做对应的平移,比如盒子为50*50*50,分子质心在(52,53,60)那么要把它移动到(2,3,10)处,不是随便移动的

问题已基本解决,谢谢大家的参与
6楼2012-05-01 14:03:05
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