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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » discover模拟，分子跑到盒子外面怎么办
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mjjwhs

新虫 (小有名气)

[求助] discover模拟，分子跑到盒子外面怎么办

在用discover模拟是，轨迹中不少分子跑到了盒子外面，怎么让它们回去呢?

这里的关键是，我想处理1000帧，所以要写MS scripting脚本，应该用什么命令呢？请高手给予指点，谢谢了！
一般的ms perl脚本我都能写，但这个确实不知道怎么处理了。
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1楼 2012-04-28 22:51:19
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mjjwhs

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by caijj09 at 2012-04-29 14:33:08:
你所说的分子是小分子还是单个原子？我在模拟酸性体系下的吸附时，H+会跑掉，但其他都还好。试试在建层的时候，层上面不留真空。另外，好像有文献中提到通过建多层来解决。就是一个层中的跑出去的话，再让另一层的 ...

体系是溶质加溶剂体系。我的意思是这样的，就是溶剂小分子已经跑到了外面，我可以通过平移来把它放到原来的盒子里，现在的问题是这个平移操作怎么做。当然可以平移跑出去的分子，不过有些麻烦，但现在来看我只能这样做了。谢谢你的回答
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3楼2012-04-29 15:04:11
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mjjwhs: 金币+4, ★有帮助 2012-04-29 15:00:35
zh1987hs: 金币+2, thank you 2012-04-29 15:05:46
你所说的分子是小分子还是单个原子？我在模拟酸性体系下的吸附时，H+会跑掉，但其他都还好。试试在建层的时候，层上面不留真空。另外，好像有文献中提到通过建多层来解决。就是一个层中的跑出去的话，再让另一层的填充进去，但具体怎么实现，我还没搞懂
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自强不息
2楼2012-04-29 14:33:08
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
mjjwhs: 金币+3, ★有帮助 2012-04-30 08:51:14
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-30 09:07:43
引用回帖:
3楼: Originally posted by mjjwhs at 2012-04-29 15:04:11:
体系是溶质加溶剂体系。我的意思是这样的，就是溶剂小分子已经跑到了外面，我可以通过平移来把它放到原来的盒子里，现在的问题是这个平移操作怎么做。当然可以平移跑出去的分子，不过有些麻烦，但现在来看我只能 ...

你只是要将跑出去的原子，分子再移回来？  那你选择这些跑出去的原子，或者分子，然后 shift+ alt  +鼠标右键， 移动鼠标即可将原子移回去。但这样移动有意义么？
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自强不息
4楼2012-04-29 21:18:42
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mjjwhs

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by caijj09 at 2012-04-29 21:18:42:
你只是要将跑出去的原子，分子再移回来？  那你选择这些跑出去的原子，或者分子，然后 shift+ alt  +鼠标右键， 移动鼠标即可将原子移回去。但这样移动有意义么？

我是做对应的平移，比如盒子为50*50*50，分子质心在（52,53,60）那么要把它移动到（2,3,10）处，不是随便移动的
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5楼2012-04-30 08:53:27
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