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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » CP2K 跑 MD 为什么分子跑到了周期性格子外面
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nnipp

金虫 (小有名气)

[求助] CP2K 跑 MD 为什么分子跑到了周期性格子外面

用CP2K 跑 MD
定义了
&SUBSYS
    &CELL
      ABC 9.421    9.421    9.421
      ALPHA_BETA_GAMMA 94.20  94.20  94.20
    &END CELL

用VMD看.xyz文件 分子跑到了格子外面
如何让它显示在一个格子里？
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功不唐捐
1楼 2011-11-27 14:40:24
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hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-28 11:59:20
没用过CP2K，周期性体系没关系吧，只要不违背周期性结构就行，如果要显示一个格子里，按周期性把格外的原子坐标平移一下应该就可以了。
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2楼2011-11-27 16:21:44
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nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2011-11-27 16:21:44:
没用过CP2K，周期性体系没关系吧，只要不违背周期性结构就行，如果要显示一个格子里，按周期性把格外的原子坐标平移一下应该就可以了。

谢谢 耐心解答
我想要得到每一步在同一个格子里的结构
在MS里建立晶胞是可以显示到一个格子里
但是 跑几万步 如果每一步都如此操作岂不是很费时费力？
大虾知道简单的方法吗？
另外不清楚CP2K是如何算的 为什么会跑到格子外面
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功不唐捐
3楼2011-11-27 17:18:13
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dolphin100

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-11-28 11:59:29
traconv 去周期即可
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
4楼2011-11-28 08:26:38
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nnipp

金虫 (小有名气)
以下是ChemiAndy的回信：

请查阅VMD里面PBCtools插件的使用说明
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/
.xyz文件是不包括周期盒子信息的，
必须手动设置，然后把分子wrap到盒子里

在VMD的控制台中输入：
package require pbctools
pbc set cell {9.421    9.421    9.421}  -all
pbc box_draw -all
pbc wrap -all

非常感谢大虾的帮助！但是要怎么把金币给您呢？
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功不唐捐
5楼2011-11-28 10:38:59
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nnipp

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢分享解决方法，感谢你和 ChemiAndy 2011-11-28 20:09:57
在大虾 ChemiAndy 的指点下问题解决了
做一点小修正：
在VMD的控制台中输入：
package require pbctools
pbc set cell {a b c alpha beta gamma}  -all
pbc box_draw  
pbc wrap -all
赞一下(1人) 回复此楼
功不唐捐
6楼2011-11-28 16:20:55
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