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nnipp金虫 (小有名气)
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CP2K 跑 MD 为什么分子跑到了周期性格子外面
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用CP2K 跑 MD 定义了 &SUBSYS &CELL ABC 9.421 9.421 9.421 ALPHA_BETA_GAMMA 94.20 94.20 94.20 &END CELL 用VMD看.xyz文件 分子跑到了格子外面 如何让它显示在一个格子里？ |
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nnipp
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3楼2011-11-27 17:18:13
nnipp
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以下是ChemiAndy的回信： 请查阅VMD里面PBCtools插件的使用说明 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/ .xyz文件是不包括周期盒子信息的， 必须手动设置，然后把分子wrap到盒子里 在VMD的控制台中输入： package require pbctools pbc set cell {9.421 9.421 9.421} -all pbc box_draw -all pbc wrap -all 非常感谢大虾的帮助！但是要怎么把金币给您呢？ |
5楼2011-11-28 10:38:59
nnipp
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6楼2011-11-28 16:20:55