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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【分享】在gromacs中做蛋白质在有机溶剂DMSO中的模拟流程！
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【奖励】 本帖被评价7次，作者gxsulong增加金币 5.2 个

gxsulong

至尊木虫 (著名写手)

[资源] 【分享】在gromacs中做蛋白质在有机溶剂DMSO中的模拟流程！

自己跟清华大学的老师学做了两个礼拜的Gromacs；现在总结一下做蛋白质在有机溶剂中的流程，对初学者非常有用，因为我也是新手，呵呵！欢迎高手提出指正。http://d.namipan.com/d/c2da29fe8 ... 59d08a72a7100880200
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1楼 2010-08-05 15:47:41
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-26 19:33:42
引用回帖:
Originally posted by gxsulong at 2010-08-05 15:47:41:
自己跟清华大学的老师学做了两个礼拜的Gromacs；现在总结一下做蛋白质在有机溶剂中的流程，对初学者非常有用，因为我也是新手，呵呵！欢迎高手提出指正。[url]http://d.namipan.com/d/c2da29fe8f5812f0f064321536 ...

写的不错~我正在用打算用DESMOND做有机溶液中的分子模拟，估计原理是相通的~学习了
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2楼2010-08-05 17:37:36
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

仔细看了，楼主写的很详细，感谢分享。有几点要向楼主请教：
1.DMSO的gro文件是怎么创建的，一个gro中包含几个DMSO
2.editconf_mpi –f DMSO.gro –o DMSO.gro –d 0.18，该命令中0.18是怎么得到的，以及这条命令有什么作用。
如有不当，楼主海涵。
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3楼2010-08-05 18:51:23
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52841503

银虫 (小有名气)

★★★ 三星级,支持鼓励

我想问一下pH 10 的条件是如何设置的？
对氨基酸质子化之后，如何判断体系pH 为10？
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4楼2010-08-05 19:04:48
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gxsulong

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-08-06 09:59:58
“editconf_mpi –f DMSO.gro –o DMSO.gro –d 0.18
”是用来调整盒子中有机溶剂的分子数符合你实际实验中的分子数。有机溶剂分子的生成可以到网站上去自动生成。具体网址你百度一下，不过听说如果要做得深入的话，自动生成的分子要经过高斯运算。要求不高可以直接用。呵呵
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5楼2010-08-06 09:31:19
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gxsulong at 2010-08-06 09:31:19:
“editconf_mpi –f DMSO.gro –o DMSO.gro –d 0.18
”是用来调整盒子中有机溶剂的分子数符合你实际实验中的分子数。有机溶剂分子的生成可以到网站上去自动生成。具体网址你百度一下，不过听说如果要做得深入的 ...

多谢解惑
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6楼2010-08-06 12:32:31
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52841503

银虫 (小有名气)
感谢楼主，哈哈哈
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7楼2010-08-07 11:23:39
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pickle116

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2010-09-26 14:36:39
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mika

金虫 (正式写手)
网盘打不开，正好我也想学这个软件，你能给我发一份吗？
yayaqx@sina.com
谢谢啊！！！
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10楼2010-10-10 21:21:22
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fu19871111

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-08-05 17:37:36:

写的不错~我正在用打算用DESMOND做有机溶液中的分子模拟，估计原理是相通的~学习了

能给我发一个胶原蛋白的结构模型不？ 名好像是  clg_b4md.pdb  谢谢
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11楼2010-10-25 11:47:07
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jj2006

木虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

下载不了，楼主可以发一份到我的邮箱吗，谢谢！20066977@cqu.edu.cn
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12楼2011-05-31 19:32:22
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左转单车

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

内容已删除
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13楼2014-01-11 19:39:59
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lalayu2012

新虫 (初入文坛)
我也看不到，能发到邮箱吗59253280@qq.com 谢谢
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14楼2015-05-30 10:46:22
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
楼主我也看不到了，能不能给我发一份，感激不尽 xxj9818@sina.com
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15楼2016-01-11 20:08:33
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tccwinnie

新虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

您好，我最近开始用Gromacs做分子模拟，用DMSO作为溶剂，您的链接打开是mplayer啊？ 有资源教程提供么？万分感谢
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16楼2018-02-26 18:09:03
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tccwinnie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2010-08-05 17:37:36
写的不错~我正在用打算用DESMOND做有机溶液中的分子模拟，估计原理是相通的~学习了...

您好，资源下载不了 最近在学gromacs，能否分享一下资源吖？ 万分感谢~
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17楼2018-02-26 18:13:19
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czj12345

铁虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主你好，你发的链接打不开了，能发我邮箱吗，781022773@qq.com，万分感谢！
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18楼2018-05-12 17:13:21
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简单回复
红枫叶6888楼
2010-08-24 19:30   回复  
 
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