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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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Youngchsh

木虫 (正式写手)


[交流] 【求助】用Gromacs模拟小分子药物及一定辅料在水溶液中的形态该,该如何开始?

请问各位大侠们,如题,本人对小分子药物的模拟一直困扰已久,蛋白质的模拟似乎比较方便,只需要从网站上下载pdb结构文件就可以了,可是药物分子没有对应的pdb文件,因此,要想模拟这些分子的形态,是否需要手动编写药物分子的pdb文件?或者还有其它思路?如果需要手动编写,请问该用何种软件,最好是免费的?
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yangzhi98

金虫 (正式写手)


御剑江湖: 回帖鼓励 2011-04-03 22:32:43
Youngchsh(金币+2): 还是感谢一下 2011-04-05 17:40:04
是的,需要,用PDB软件
2楼2011-04-02 13:15:56
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★ ★ ★
Youngchsh(金币+5): 非常感谢,先尝试一下 2011-04-02 13:25:02
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-04-02 14:50:45
Youngchsh(金币+4): 事实证明是真的 2011-04-26 07:52:23
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-08 19:41:26
引用回帖:
Originally posted by Youngchsh at 2011-04-02 13:14:10:
请问各位大侠们,如题,本人对小分子药物的模拟一直困扰已久,蛋白质的模拟似乎比较方便,只需要从网站上下载pdb结构文件就可以了,可是药物分子没有对应的pdb文件,因此,要想模拟这些分子的形态,是否需要手动编 ...

PRODRG是个在线服务器,可以派生出小分子进行GMX模拟所需要的文件
3楼2011-04-02 13:19:03
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yyp_123

荣誉版主 (文坛精英)


Youngchsh(金币+2): 还是感谢一下 2011-04-05 17:40:21
不懂 帮顶
4楼2011-04-02 13:19:10
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★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:43:05
Youngchsh(金币+5): 非常感谢 2011-04-05 17:40:47
需要,楼主可以参考一下论文《天然产物分离的分子动力学模拟研究》,不知道有用没有。
http://cdmd.cnki.com.cn/Article/CDMD-10010-2009260494.htm
6楼2011-04-02 18:46:20
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金虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
220767楼: Originally posted by Youngchsh at 2011-04-02 13:14:10:
请问各位大侠们,如题,本人对小分子药物的模拟一直困扰已久,蛋白质的模拟似乎比较方便,只需要从网站上下载pdb结构文件就可以了,可是药物分子没有对应的pdb文件,因此,要想模拟这些分子的形态,是否需要手动编 ...

用一些可视化的软件都可以得到分子的pdb文件,比如MS,gaussview.
另外楼主能否提供一些药物分子模拟的文献?
7楼2012-05-14 18:09:31
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简单回复
2011-04-02 13:28   回复  
Youngchsh(金币+2): 还是感谢一下 2011-04-05 17:40:33
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