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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】用Gromacs模拟小分子药物及一定辅料在水溶液中的形态该，该如何开始？
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Youngchsh

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用Gromacs模拟小分子药物及一定辅料在水溶液中的形态该，该如何开始？

请问各位大侠们，如题，本人对小分子药物的模拟一直困扰已久，蛋白质的模拟似乎比较方便，只需要从网站上下载pdb结构文件就可以了，可是药物分子没有对应的pdb文件，因此，要想模拟这些分子的形态，是否需要手动编写药物分子的pdb文件？或者还有其它思路？如果需要手动编写，请问该用何种软件，最好是免费的？
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1楼 2011-04-02 13:14:10
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yangzhi98

金虫 (正式写手)
御剑江湖: 回帖鼓励 2011-04-03 22:32:43
Youngchsh(金币+2): 还是感谢一下 2011-04-05 17:40:04
是的，需要，用PDB软件
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2楼2011-04-02 13:15:56
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
Youngchsh(金币+5): 非常感谢，先尝试一下 2011-04-02 13:25:02
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-04-02 14:50:45
Youngchsh(金币+4): 事实证明是真的 2011-04-26 07:52:23
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-08 19:41:26
引用回帖:
Originally posted by Youngchsh at 2011-04-02 13:14:10:
请问各位大侠们，如题，本人对小分子药物的模拟一直困扰已久，蛋白质的模拟似乎比较方便，只需要从网站上下载pdb结构文件就可以了，可是药物分子没有对应的pdb文件，因此，要想模拟这些分子的形态，是否需要手动编 ...

PRODRG是个在线服务器，可以派生出小分子进行GMX模拟所需要的文件
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3楼2011-04-02 13:19:03
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yyp_123

荣誉版主 (文坛精英)
Youngchsh(金币+2): 还是感谢一下 2011-04-05 17:40:21
不懂 帮顶
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4楼2011-04-02 13:19:10
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:43:05
Youngchsh(金币+5): 非常感谢 2011-04-05 17:40:47
需要，楼主可以参考一下论文《天然产物分离的分子动力学模拟研究》，不知道有用没有。
http://cdmd.cnki.com.cn/Article/CDMD-10010-2009260494.htm
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6楼2011-04-02 18:46:20
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金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
220767楼: Originally posted by Youngchsh at 2011-04-02 13:14:10:
请问各位大侠们，如题，本人对小分子药物的模拟一直困扰已久，蛋白质的模拟似乎比较方便，只需要从网站上下载pdb结构文件就可以了，可是药物分子没有对应的pdb文件，因此，要想模拟这些分子的形态，是否需要手动编 ...

用一些可视化的软件都可以得到分子的pdb文件，比如MS，gaussview.
另外楼主能否提供一些药物分子模拟的文献？
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7楼2012-05-14 18:09:31
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guobaisong5楼
2011-04-02 13:28   回复  
Youngchsh(金币+2): 还是感谢一下 2011-04-05 17:40:33
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