应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】用Gromacs模拟小分子药物及一定辅料在水溶液中的形态该，该如何开始？
71/1返回列表
查看: 1535  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Youngchsh

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用Gromacs模拟小分子药物及一定辅料在水溶液中的形态该，该如何开始？

请问各位大侠们，如题，本人对小分子药物的模拟一直困扰已久，蛋白质的模拟似乎比较方便，只需要从网站上下载pdb结构文件就可以了，可是药物分子没有对应的pdb文件，因此，要想模拟这些分子的形态，是否需要手动编写药物分子的pdb文件？或者还有其它思路？如果需要手动编写，请问该用何种软件，最好是免费的？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-04-02 13:14:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangzhi98

金虫 (正式写手)
御剑江湖: 回帖鼓励 2011-04-03 22:32:43
Youngchsh(金币+2): 还是感谢一下 2011-04-05 17:40:04
是的，需要，用PDB软件
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-04-02 13:15:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
Youngchsh(金币+5): 非常感谢，先尝试一下 2011-04-02 13:25:02
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-04-02 14:50:45
Youngchsh(金币+4): 事实证明是真的 2011-04-26 07:52:23
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-08 19:41:26
引用回帖:
Originally posted by Youngchsh at 2011-04-02 13:14:10:
请问各位大侠们，如题，本人对小分子药物的模拟一直困扰已久，蛋白质的模拟似乎比较方便，只需要从网站上下载pdb结构文件就可以了，可是药物分子没有对应的pdb文件，因此，要想模拟这些分子的形态，是否需要手动编 ...

PRODRG是个在线服务器，可以派生出小分子进行GMX模拟所需要的文件
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-04-02 13:19:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyp_123

荣誉版主 (文坛精英)
Youngchsh(金币+2): 还是感谢一下 2011-04-05 17:40:21
不懂 帮顶
回复此楼
4楼2011-04-02 13:19:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:43:05
Youngchsh(金币+5): 非常感谢 2011-04-05 17:40:47
需要，楼主可以参考一下论文《天然产物分离的分子动力学模拟研究》，不知道有用没有。
http://cdmd.cnki.com.cn/Article/CDMD-10010-2009260494.htm
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-04-02 18:46:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
220767楼: Originally posted by Youngchsh at 2011-04-02 13:14:10:
请问各位大侠们，如题，本人对小分子药物的模拟一直困扰已久，蛋白质的模拟似乎比较方便，只需要从网站上下载pdb结构文件就可以了，可是药物分子没有对应的pdb文件，因此，要想模拟这些分子的形态，是否需要手动编 ...

用一些可视化的软件都可以得到分子的pdb文件，比如MS，gaussview.
另外楼主能否提供一些药物分子模拟的文献？
赞一下 回复此楼
7楼2012-05-14 18:09:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
guobaisong5楼
2011-04-02 13:28   回复  
Youngchsh(金币+2): 还是感谢一下 2011-04-05 17:40:33
相关版块跳转 我要订阅楼主 Youngchsh 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy！ 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[教师之家] 焦虑 +5 水冰月月野兔 2026-03-13 7/350 2026-03-14 15:14 by 农药害害
[考研] 一志愿天大化工（085600）调剂总分338 +6 蔡大美女 2026-03-09 6/300 2026-03-14 02:46 by JourneyLucky
[考研] 293求调剂 +5 上班不着吉 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:37 by JourneyLucky
[考研] 306求调剂 +4 唐薏薏 2026-03-09 4/200 2026-03-14 01:19 by JourneyLucky
[考研] 0856材料与化工301求调剂 +5 奕束光 2026-03-13 5/250 2026-03-13 22:00 by 星空星月
[考研] 301求调剂 +6 Liyouyumairs 2026-03-11 6/300 2026-03-13 20:11 by JourneyLucky
[考研] 310求调剂 +3 【上上签】 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:16 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +7 18880831720 2026-03-11 7/350 2026-03-13 16:10 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕350 求调剂 +4 王金科 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:02 by ruiyingmiao
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考研] 26考研求调剂 +5 丶宏Sir 2026-03-13 5/250 2026-03-13 13:05 by JourneyLucky
[考研] 0856化工原理 +6 z2839474511 2026-03-10 6/300 2026-03-13 10:41 by houyaoxu
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
[考研] 279求调剂 +3 莫xiao 2026-03-10 4/200 2026-03-11 08:06 by 斩魂滴兔子！
[考研] 求调剂材料专硕293 +6 段_(:з」∠)_ 2026-03-10 6/300 2026-03-10 18:22 by ms629
[考研] 收调剂 +7 调剂的考研学生 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:57 by 麦茶汤圆
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭