24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Youngchsh

木虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2360.4
帖子: 913
在线: 90.8小时
虫号: 1217388

[交流] 【求助】用Gromacs模拟小分子药物及一定辅料在水溶液中的形态该，该如何开始？

请问各位大侠们，如题，本人对小分子药物的模拟一直困扰已久，蛋白质的模拟似乎比较方便，只需要从网站上下载pdb结构文件就可以了，可是药物分子没有对应的pdb文件，因此，要想模拟这些分子的形态，是否需要手动编写药物分子的pdb文件？或者还有其它思路？如果需要手动编写，请问该用何种软件，最好是免费的？

回复此楼

» 猜你喜欢

北京211副教授，35岁，想重新出发，去国外做博后，怎么样？已经有7人回复
Cas 72-43-5需要30g，定制合成，能接单的留言已经有7人回复
磺酰氟产物，毕不了业了！已经有5人回复
论文终于录用啦！满足毕业条件了已经有25人回复
2026年机械制造与材料应用国际会议（ICMMMA 2026）已经有3人回复
自荐读博已经有3人回复
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？已经有5人回复
不自信的我已经有5人回复
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球已经有8人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

GROMACS 小分子top文件已经有9人回复
Gromacs是如何算溶液的介电常数的啊已经有4人回复
Gromacs中加入离子已经有5人回复
gromacs中文教程已经有488人回复
【求助】如何使用gromacs中的constraint 已经有8人回复
【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs 已经有6人回复
【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢已经有11人回复
【求助】重金求助：gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件已经有8人回复
【原创】在gromacs的gro中插入小分子已经有12人回复
【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起已经有8人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2011-04-02 13:14:10

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
Youngchsh(金币+5): 非常感谢，先尝试一下 2011-04-02 13:25:02
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-04-02 14:50:45
Youngchsh(金币+4): 事实证明是真的 2011-04-26 07:52:23
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-08 19:41:26

引用回帖:

Originally posted by Youngchsh at 2011-04-02 13:14:10:
请问各位大侠们，如题，本人对小分子药物的模拟一直困扰已久，蛋白质的模拟似乎比较方便，只需要从网站上下载pdb结构文件就可以了，可是药物分子没有对应的pdb文件，因此，要想模拟这些分子的形态，是否需要手动编 ...

PRODRG是个在线服务器，可以派生出小分子进行GMX模拟所需要的文件