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Youngchsh

木虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2360.4
帖子: 913
在线: 90.8小时
虫号: 1217388

[交流] 【求助】用Gromacs模拟小分子药物及一定辅料在水溶液中的形态该，该如何开始？

请问各位大侠们，如题，本人对小分子药物的模拟一直困扰已久，蛋白质的模拟似乎比较方便，只需要从网站上下载pdb结构文件就可以了，可是药物分子没有对应的pdb文件，因此，要想模拟这些分子的形态，是否需要手动编写药物分子的pdb文件？或者还有其它思路？如果需要手动编写，请问该用何种软件，最好是免费的？

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1楼 2011-04-02 13:14:10

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
Youngchsh(金币+5): 非常感谢，先尝试一下 2011-04-02 13:25:02
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-04-02 14:50:45
Youngchsh(金币+4): 事实证明是真的 2011-04-26 07:52:23
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-08 19:41:26

引用回帖:

Originally posted by Youngchsh at 2011-04-02 13:14:10:
请问各位大侠们，如题，本人对小分子药物的模拟一直困扰已久，蛋白质的模拟似乎比较方便，只需要从网站上下载pdb结构文件就可以了，可是药物分子没有对应的pdb文件，因此，要想模拟这些分子的形态，是否需要手动编 ...

PRODRG是个在线服务器，可以派生出小分子进行GMX模拟所需要的文件