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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs是如何算溶液的介电常数的啊
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plafalines

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[求助] Gromacs是如何算溶液的介电常数的啊

求助~~

用的什么公式

计算步骤

多谢
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1楼 2011-10-24 22:53:32
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+8): 谢谢 2011-10-25 10:19:25
ghcacj(金币+7): 谢谢 2011-10-26 11:00:06
plafalines(金币+2): 很有用 2011-10-26 12:53:54
引用回帖:
1楼: Originally posted by plafalines at 2011-10-24 02:53:32:
求助~~

用的什么公式

计算步骤

多谢

Google "gromacs dielectric constant", I got:
http://www.icp.uni-stuttgart.de/ ... _II_T2_SS_10_11.pdf



M是体系的总的dipole moment.
是对trajectory中的每一个采样的dipole moment依次平方,加和后再平均；
^2是对所有采样的dipole moment平均后再平方；

- ^2求的是体系的dipole moment采样的均方偏差，即所有样本值在平均值的附近的分布的平均远近情况。如果均方偏差大，说明分的比较散，说明体系的dipole moment的波动很大，那么意味这施加一个外场的话，体系很容易被极化，也就意味着一个大的介电常数。
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2楼2011-10-25 05:03:26
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plafalines

捐助贵宾 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2011-10-25 05:03:26:
Google "gromacs dielectric constant", I got:
http://www.icp.uni-stuttgart.de/ ... _II_T2_SS_10_11.pdf

[eimg]90/24/836907_1319489726_226.png[ ...

那么对于电场是变化的

如何处理

貌似需要用到电动力学

数学真复杂啊
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3楼2011-10-25 13:38:30
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+7): 谢谢 2011-10-26 11:00:12
体系对变化电场的响应就是介电弛豫谱了dielectric relaxation spectroscopy；是通过测定体系对交变电场（正弦变化）的响应，并从峰的情况，来探测体系中不同尺度的粒子的运动情况；电场变化的快慢，即频率不同，体系里面就有不同频率的运动与之相对应，响应，或共振。低频峰对应的是分子dipole moment, 或者cluster的dipole moment，比如一对缔合的离子对的转动驰豫时间；介电弛豫谱中的极高频对应的是体系的电子的瞬时响应，后者这个相对前两者的运动要快的多。

由上面分析，介电弛豫谱一般分为即时响应部分（高频）和弛豫响应部分,弛豫响应部分的变化要慢于电场的变化，落后半拍，所以弛豫谱是一个复数谱。

但我们平常我们谈论的介电常数却是一个常数，这是怎么回事呢？实际上对应的是体系在无限高频率下电场下的介电响应，即高频部分——电子的响应。为什么呢？因为测介电常数用的是不变电场，分子dipole moment受激发后不再变化。而极高频交变电场下，分子跟不上电场变化。都是与电场无关的自发运动造成的总dipole波动。(所谓与电场无关，即用不变电场测到极化响应也要外推到外场为0的情况下，去计算介电常数，否则不同外场的响应幅度不同，不为常数。)
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4楼2011-10-26 03:27:53
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郭倪倪倪倪

铁虫 (小有名气)
请问这个公式里面用到的数的单位是啥啊，得出来的介电常数有单位吗
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5楼2019-10-08 14:58:31
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