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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
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auybv

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？ 已有5人参与

现在刚刚开始做分子动力学模拟，在这方面应该说还是初学者。我们实验室动力学以前一直都用Amber，但是我要做的体系太大了，导师说计算起来会非常的慢。尽管不会慢到难以接受的程度，但还是感觉花费的时间太多。老师曾经给我们提到过Gromacs和NAMD，当时只是说这两个功能强大，但是学起来特别难，建议我们把Amber掌握好了之后再慢慢学习。我最近听说这两个程序的计算速度比Amber快很多，是这样吗？如果确实快，对同样的体系能快多少？另外，如果跳过Amber，直接学习Gromacs或者NAMD是否可行？我需要计算的分子这三个程序都是可以很好的完成的。毕竟现在还缺乏这方面的基础，对相关的研究也还缺乏了解，所以想听听大家的意见。
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1楼 2010-10-24 21:57:47
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-10-25 14:18:59
Amber老了。
NAMD和Gromacs还在茁壮成长。
另外，Amber是收费的，NAMD和Gromacs是免费的、开源的。
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2楼2010-10-25 08:42:59
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auybv

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-10-25 08:42:59:
Amber老了。
NAMD和Gromacs还在茁壮成长。
另外，Amber是收费的，NAMD和Gromacs是免费的、开源的。

Amber我们实验室有，不需要再购买了，所以是免费还是收费关系不大。我关心的是计算速度以及学习的难度。毕竟我们老师用Amber已经很熟练了，出现问题随时都可以去请教。而如果用Gromacs和NAMD的话没有任何人可以辅导，只能我自己一点点的摸索。所以后两个程序如果在计算上能节省大量的时间，我可以考虑去学一下，否则还是先用Amber为好。目前正对这个比较头疼，所以想请教一下。

[ Last edited by auybv on 2010-10-25 at 10:21 ]
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3楼2010-10-25 10:17:46
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
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zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-25 12:23:43
引用回帖:
Originally posted by auybv at 2010-10-25 10:17:46:
Amber我们实验室有，不需要再购买了，所以是免费还是收费关系不大。我关心的是计算速度以及学习的难度。毕竟我们老师用Amber已经很熟练了，出现问题随时都可以去请教。而如果用Gromacs和NAMD的话没有任何人可以 ...

有，不代表......

合法拥有更重要，
提醒一下莫偷笑。
游戏规则早熟悉，
国际舞台劈腿跳。
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4楼2010-10-25 10:53:56
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★
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zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-25 12:23:50
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5楼2010-10-25 11:37:18
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auybv

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-10-25 10:53:56:


有，不代表......

合法拥有更重要，
提醒一下莫偷笑。
游戏规则早熟悉，
国际舞台劈腿跳。

太有文采了。我说的“有”是合法的、拥有授权的。究竟计算速度如何呢？我只是听说NAMD和Gromacs算起来更快，比Amber能快多少？这样我也能预测一下整个课题大致需要多长时间。
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6楼2010-10-25 13:39:45
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-10-25 14:19:43
引用回帖:
Originally posted by auybv at 2010-10-25 13:39:45:

太有文采了。我说的“有”是合法的、拥有授权的。究竟计算速度如何呢？我只是听说NAMD和Gromacs算起来更快，比Amber能快多少？这样我也能预测一下整个课题大致需要多长时间。

同样的体系一般来说GMX是最快的，快多少是除非你三个软件都用过比较才能得知的，粗略的说，GMX>NAMD>AMBER,具体的时间和你的机器配置有关，我的体系20000+原子，GMX1天2NS,四核单机
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7楼2010-10-25 13:44:13
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fu19871111

金虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-10-25 13:44:13:

同样的体系一般来说GMX是最快的，快多少是除非你三个软件都用过比较才能得知的，粗略的说，GMX>NAMD>AMBER,具体的时间和你的机器配置有关，我的体系20000+原子，GMX1天2NS,四核单机

请问下你有gromacs教程不？  有的话能发份给我不？   madfushengq@163.com  谢谢
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8楼2010-11-03 12:39:10
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