| 查看: 3333 | 回复: 7 | |||
auybv金虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？ 已有5人参与
|
| 现在刚刚开始做分子动力学模拟，在这方面应该说还是初学者。我们实验室动力学以前一直都用Amber，但是我要做的体系太大了，导师说计算起来会非常的慢。尽管不会慢到难以接受的程度，但还是感觉花费的时间太多。老师曾经给我们提到过Gromacs和NAMD，当时只是说这两个功能强大，但是学起来特别难，建议我们把Amber掌握好了之后再慢慢学习。我最近听说这两个程序的计算速度比Amber快很多，是这样吗？如果确实快，对同样的体系能快多少？另外，如果跳过Amber，直接学习Gromacs或者NAMD是否可行？我需要计算的分子这三个程序都是可以很好的完成的。毕竟现在还缺乏这方面的基础，对相关的研究也还缺乏了解，所以想听听大家的意见。 |
回复此楼» 猜你喜欢
材料工程085601，270求调剂
已经有24人回复
-
085404 293求调剂
已经有3人回复
-
调剂
已经有21人回复
-
复试调剂，一志愿郑州大学材料与化工289分
已经有15人回复
-
08工科求调剂290分
已经有12人回复
-
286求调剂
已经有16人回复
-
材料类284调剂
已经有24人回复
-
考研调剂-材料类-284
已经有14人回复
-
327求调剂
已经有11人回复
-
一志愿985初试354分生物调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】关于药物合成和微生物与生化药学如何选择的问题，想向有经验的各位请教
已经有27人回复
- 这样的工作单位（南京vs中部省会城市）该如何选择？？？
已经有32人回复
- 请问在arcmap中如何加载coverage数据？
已经有6人回复
- 不知道该如何选择学校和导师
已经有9人回复
- 如何准确快速的检索所需要的信息————视频如何编写检索式
已经有63人回复
- 纠结！丹麦法国如何选择，请大家帮忙提建议
已经有33人回复
- 出国读博士，国内工作和博士，如何选择，大家帮帮忙，谢了
已经有23人回复
- 大家帮我分析一下我的offer该如何选择
已经有10人回复
- 研究生应该如何选择导师~~~
已经有13人回复
- 如何选择小语种专业
已经有3人回复
- 【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场
已经有8人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
- 模拟EPI: 1
- 应助: 129 (高中生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 21238.9
- 散金: 3440
- 红花: 66
- 帖子: 12101
- 在线: 759.1小时
- 虫号: 96063
- 注册: 2005-10-07
- 专业: 高等教育学
- 管辖: 计算模拟
2楼2010-10-25 08:42:59
auybv
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1379.6
- 红花: 1
- 帖子: 65
- 在线: 46.8小时
- 虫号: 772565
- 注册: 2009-05-17
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2010-10-25 10:17:46
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
- 模拟EPI: 1
- 应助: 129 (高中生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 21238.9
- 散金: 3440
- 红花: 66
- 帖子: 12101
- 在线: 759.1小时
- 虫号: 96063
- 注册: 2005-10-07
- 专业: 高等教育学
- 管辖: 计算模拟
4楼2010-10-25 10:53:56
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-25 12:23:50
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-25 12:23:50
|
本帖内容被屏蔽 |
5楼2010-10-25 11:37:18
auybv
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1379.6
- 红花: 1
- 帖子: 65
- 在线: 46.8小时
- 虫号: 772565
- 注册: 2009-05-17
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
6楼2010-10-25 13:39:45
7楼2010-10-25 13:44:13
fu19871111
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1163
- 散金: 2
- 红花: 1
- 帖子: 565
- 在线: 102.9小时
- 虫号: 782703
- 注册: 2009-05-30
- 性别: GG
- 专业: 高分子模拟
8楼2010-11-03 12:39:10
