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auybv金虫 (小有名气)
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【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？ 已有5人参与
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| 现在刚刚开始做分子动力学模拟，在这方面应该说还是初学者。我们实验室动力学以前一直都用Amber，但是我要做的体系太大了，导师说计算起来会非常的慢。尽管不会慢到难以接受的程度，但还是感觉花费的时间太多。老师曾经给我们提到过Gromacs和NAMD，当时只是说这两个功能强大，但是学起来特别难，建议我们把Amber掌握好了之后再慢慢学习。我最近听说这两个程序的计算速度比Amber快很多，是这样吗？如果确实快，对同样的体系能快多少？另外，如果跳过Amber，直接学习Gromacs或者NAMD是否可行？我需要计算的分子这三个程序都是可以很好的完成的。毕竟现在还缺乏这方面的基础，对相关的研究也还缺乏了解，所以想听听大家的意见。 |
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