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liyang1533

新虫 (初入文坛)


[交流] 【求助】重金求助:gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件

小妹初学gromacs,现正用其中的一些命令来做分析。现在遇到一困难,问题陈述如下:
我现在正在分析如图的结构--two beta sheet的动力学前后的RMSD,之前用命令“g_rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns” ,得到整个结构的RMSD。现在想分析跑完动力学之后的上面(下面)一片sheet和原始结构的上面(下面)一片sheet的RMSD值随时间的变化。我尝试用index.ndx文件,命令是“g_rms -s 3a_solv.gro -f md_0_1noPBC.xtc -n index.ndx -o rmsd_com3a.xvg -tu ns” ,3a_solv.gro是初始结构加水之后的文件,index.ndx中的内容是
【1(初始的上面一片的所有原子序号)】
1 2 3 ...
[ 2(跑完动力学之后上面一片的原子序号) ]
1 2 3......
但是分析出来的好像不对。
恳请各位师兄姐们的帮助。最好给出详细的命令。(我想知道在gromacs中怎样分析一个整体中的局部结构随时间变化的RMSD)
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liyang1533

新虫 (初入文坛)


自己先顶一下吧,怎么没有人回复呢?期待大家的回复呀。
4楼2010-12-23 08:50:26
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★ ★ ★
liyang1533(金币+1):谢谢参与
liyang1533(金币+1):这不是产生索引文件的命令吗? 2010-12-23 10:56:19
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-23 15:50:45
引用回帖:
Originally posted by liyang1533 at 2010-12-23 08:50:26:
自己先顶一下吧,怎么没有人回复呢?期待大家的回复呀。

尝试一下make_ndx
5楼2010-12-23 08:56:40
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liyang1533(金币+1):是您理解错了,我只是想局部与局部分析,因为两片之间的距离很大,会影响整体RMSD,上面和上面一片比较会发现它们的形状的rmsd,这样更精确。 2010-12-23 12:37:50
liyang1533(金币+2): 2010-12-23 17:41:16
引用回帖:
Originally posted by liyang1533 at 2010-12-23 08:50:26:
自己先顶一下吧,怎么没有人回复呢?期待大家的回复呀。

我怎么觉得这个问题一点都不复杂呢?难道是我理解错了?你直接把所有原子的RMSD都求得,再把对应于你想要部分的RMSD拷出来不就行了吗?
6楼2010-12-23 11:16:11
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juanjuan0618

铜虫 (小有名气)



liyang1533(金币+1):谢谢参与
liyang1533(金币+1):这个我都知道的,呵呵。谢谢了哦,现在问题已经解决了,是我的index文件的问题,其它的命令都是正确的。 2010-12-23 17:39:49
你的.ndx是怎么生成的呀?  先用make_ndx通过.gro文件生成.ndx,然后再用g_rms 命令后加上-n *.ndx就行了~
7楼2010-12-23 16:42:32
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sinokang

至尊木虫 (职业作家)


★ ★ ★
liyang1533(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+2):谢谢 2011-01-06 22:44:47
先建立index.ndx,这里的原子编号要用产生的gro文件的,然后再g_rms -n ......
8楼2011-01-06 18:59:48
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白玉浴血

木虫 (正式写手)



liyang1533(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
7楼: Originally posted by juanjuan0618 at 2010-12-23 16:42:32
你的.ndx是怎么生成的呀?  先用make_ndx通过.gro文件生成.ndx,然后再用g_rms 命令后加上-n *.ndx就行了~

请问你的.ndx文件生成了吗
为什么我用的make_ndx不行呢
9楼2014-11-22 14:44:33
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简单回复
2010-12-21 21:20   回复  
liyang1533(金币+1): 2010-12-21 22:02:50
liyang1533(金币+5): 2010-12-23 17:40:25
sjnyongle3楼
2010-12-21 21:26   回复  
liyang1533(金币+5): 2010-12-23 17:40:17
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