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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】重金求助：gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件
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liyang1533

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】重金求助：gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件

小妹初学gromacs，现正用其中的一些命令来做分析。现在遇到一困难，问题陈述如下：
我现在正在分析如图的结构--two beta sheet的动力学前后的RMSD，之前用命令“g_rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns” ,得到整个结构的RMSD。现在想分析跑完动力学之后的上面（下面）一片sheet和原始结构的上面（下面）一片sheet的RMSD值随时间的变化。我尝试用index.ndx文件，命令是“g_rms -s 3a_solv.gro -f md_0_1noPBC.xtc -n index.ndx -o rmsd_com3a.xvg -tu ns” ，3a_solv.gro是初始结构加水之后的文件，index.ndx中的内容是
【1（初始的上面一片的所有原子序号）】
1 2 3 ...
[ 2(跑完动力学之后上面一片的原子序号) ]
1 2 3......
但是分析出来的好像不对。
恳请各位师兄姐们的帮助。最好给出详细的命令。（我想知道在gromacs中怎样分析一个整体中的局部结构随时间变化的RMSD）
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1楼 2010-12-21 21:04:14
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liyang1533

新虫 (初入文坛)
自己先顶一下吧，怎么没有人回复呢？期待大家的回复呀。
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4楼2010-12-23 08:50:26
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
liyang1533(金币+1):谢谢参与
liyang1533(金币+1):这不是产生索引文件的命令吗？ 2010-12-23 10:56:19
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-23 15:50:45
引用回帖:
Originally posted by liyang1533 at 2010-12-23 08:50:26:
自己先顶一下吧，怎么没有人回复呢？期待大家的回复呀。

尝试一下make_ndx
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5楼2010-12-23 08:56:40
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
liyang1533(金币+1):是您理解错了，我只是想局部与局部分析，因为两片之间的距离很大，会影响整体RMSD，上面和上面一片比较会发现它们的形状的rmsd,这样更精确。 2010-12-23 12:37:50
liyang1533(金币+2): 2010-12-23 17:41:16
引用回帖:
Originally posted by liyang1533 at 2010-12-23 08:50:26:
自己先顶一下吧，怎么没有人回复呢？期待大家的回复呀。

我怎么觉得这个问题一点都不复杂呢？难道是我理解错了？你直接把所有原子的RMSD都求得，再把对应于你想要部分的RMSD拷出来不就行了吗？
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6楼2010-12-23 11:16:11
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juanjuan0618

铜虫 (小有名气)
★
liyang1533(金币+1):谢谢参与
liyang1533(金币+1):这个我都知道的，呵呵。谢谢了哦，现在问题已经解决了，是我的index文件的问题，其它的命令都是正确的。 2010-12-23 17:39:49
你的.ndx是怎么生成的呀？  先用make_ndx通过.gro文件生成.ndx,然后再用g_rms 命令后加上-n *.ndx就行了~
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7楼2010-12-23 16:42:32
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sinokang

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
liyang1533(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+2):谢谢 2011-01-06 22:44:47
先建立index.ndx，这里的原子编号要用产生的gro文件的，然后再g_rms -n ......
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8楼2011-01-06 18:59:48
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白玉浴血

木虫 (正式写手)
★
liyang1533(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
7楼: Originally posted by juanjuan0618 at 2010-12-23 16:42:32
你的.ndx是怎么生成的呀？  先用make_ndx通过.gro文件生成.ndx,然后再用g_rms 命令后加上-n *.ndx就行了~

请问你的.ndx文件生成了吗
为什么我用的make_ndx不行呢
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9楼2014-11-22 14:44:33
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z5476t45082楼
2010-12-21 21:20   回复  
liyang1533(金币+1): 2010-12-21 22:02:50
liyang1533(金币+5): 2010-12-23 17:40:25
sjnyongle3楼
2010-12-21 21:26   回复  
liyang1533(金币+5): 2010-12-23 17:40:17
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