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【求助】重金求助：gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件
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小妹初学gromacs，现正用其中的一些命令来做分析。现在遇到一困难，问题陈述如下： 我现在正在分析如图的结构--two beta sheet的动力学前后的RMSD，之前用命令“g_rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns” ,得到整个结构的RMSD。现在想分析跑完动力学之后的上面（下面）一片sheet和原始结构的上面（下面）一片sheet的RMSD值随时间的变化。我尝试用index.ndx文件，命令是“g_rms -s 3a_solv.gro -f md_0_1noPBC.xtc -n index.ndx -o rmsd_com3a.xvg -tu ns” ，3a_solv.gro是初始结构加水之后的文件，index.ndx中的内容是【1（初始的上面一片的所有原子序号）】 1 2 3 ... [ 2(跑完动力学之后上面一片的原子序号) ] 1 2 3...... 但是分析出来的好像不对。 恳请各位师兄姐们的帮助。最好给出详细的命令。（我想知道在gromacs中怎样分析一个整体中的局部结构随时间变化的RMSD） |
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