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Youngchsh

木虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
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[交流] 【求助】用Gromacs模拟小分子药物及一定辅料在水溶液中的形态该，该如何开始？

请问各位大侠们，如题，本人对小分子药物的模拟一直困扰已久，蛋白质的模拟似乎比较方便，只需要从网站上下载pdb结构文件就可以了，可是药物分子没有对应的pdb文件，因此，要想模拟这些分子的形态，是否需要手动编写药物分子的pdb文件？或者还有其它思路？如果需要手动编写，请问该用何种软件，最好是免费的？

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1楼 2011-04-02 13:14:10

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金虫 (小有名气)

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★
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引用回帖:

220767楼: Originally posted by Youngchsh at 2011-04-02 13:14:10:
请问各位大侠们，如题，本人对小分子药物的模拟一直困扰已久，蛋白质的模拟似乎比较方便，只需要从网站上下载pdb结构文件就可以了，可是药物分子没有对应的pdb文件，因此，要想模拟这些分子的形态，是否需要手动编 ...

用一些可视化的软件都可以得到分子的pdb文件，比如MS，gaussview.
另外楼主能否提供一些药物分子模拟的文献？

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