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【分享】在gromacs中做蛋白质在有机溶剂DMSO中的模拟流程!
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gxsulong
至尊木虫
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【分享】在gromacs中做蛋白质在有机溶剂DMSO中的模拟流程!
自己跟清华大学的老师学做了两个礼拜的Gromacs;现在总结一下做蛋白质在有机溶剂中的流程,对初学者非常有用,因为我也是新手,呵呵!欢迎高手提出指正。
http://d.namipan.com/d/c2da29fe8 ... 59d08a72a7100880200
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1楼
2010-08-05 15:47:41
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对氨基酸质子化之后,如何判断体系pH 为10?
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2010-08-05 19:04:48
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zh1987hs
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-26 19:33:42
引用回帖:
Originally posted by
gxsulong
at 2010-08-05 15:47:41:
自己跟清华大学的老师学做了两个礼拜的Gromacs;现在总结一下做蛋白质在有机溶剂中的流程,对初学者非常有用,因为我也是新手,呵呵!欢迎高手提出指正。[url]http://d.namipan.com/d/c2da29fe8f5812f0f064321536 ...
写的不错~我正在用打算用DESMOND做有机溶液中的分子模拟,估计原理是相通的~学习了
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2010-08-05 17:37:36
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zhuhongaaa
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仔细看了,楼主写的很详细,感谢分享。有几点要向楼主请教:
1.DMSO的gro文件是怎么创建的,一个gro中包含几个DMSO
2.editconf_mpi –f DMSO.gro –o DMSO.gro –d 0.18,该命令中0.18是怎么得到的,以及这条命令有什么作用。
如有不当,楼主海涵。
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2010-08-05 18:51:23
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gxsulong
至尊木虫
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-08-06 09:59:58
“editconf_mpi –f DMSO.gro –o DMSO.gro –d 0.18
”是用来调整盒子中有机溶剂的分子数符合你实际实验中的分子数。有机溶剂分子的生成可以到网站上去自动生成。具体网址你百度一下,不过听说如果要做得深入的话,自动生成的分子要经过高斯运算。要求不高可以直接用。呵呵
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5楼
2010-08-06 09:31:19
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