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gxsulong

至尊木虫 (著名写手)


[资源] 【分享】在gromacs中做蛋白质在有机溶剂DMSO中的模拟流程!

自己跟清华大学的老师学做了两个礼拜的Gromacs;现在总结一下做蛋白质在有机溶剂中的流程,对初学者非常有用,因为我也是新手,呵呵!欢迎高手提出指正。http://d.namipan.com/d/c2da29fe8 ... 59d08a72a7100880200
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银虫 (小有名气)


感谢楼主,哈哈哈


7楼2010-08-07 11:23:39
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★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-26 19:33:42
引用回帖:
Originally posted by gxsulong at 2010-08-05 15:47:41:
自己跟清华大学的老师学做了两个礼拜的Gromacs;现在总结一下做蛋白质在有机溶剂中的流程,对初学者非常有用,因为我也是新手,呵呵!欢迎高手提出指正。[url]http://d.namipan.com/d/c2da29fe8f5812f0f064321536 ...

写的不错~我正在用打算用DESMOND做有机溶液中的分子模拟,估计原理是相通的~学习了
2楼2010-08-05 17:37:36
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

仔细看了,楼主写的很详细,感谢分享。有几点要向楼主请教:
1.DMSO的gro文件是怎么创建的,一个gro中包含几个DMSO
2.editconf_mpi –f DMSO.gro –o DMSO.gro –d 0.18,该命令中0.18是怎么得到的,以及这条命令有什么作用。
如有不当,楼主海涵。
3楼2010-08-05 18:51:23
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52841503

银虫 (小有名气)


★★★ 三星级,支持鼓励

我想问一下pH 10 的条件是如何设置的?
对氨基酸质子化之后,如何判断体系pH 为10?
4楼2010-08-05 19:04:48
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