应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD由于周期性边界造成的显示问题
71/1返回列表
查看: 6457  |  回复: 6
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)

[交流] VMD由于周期性边界造成的显示问题已有3人参与

VMD由于周期性边界造成的显示问题
如图，VMD读取LAMMPS的DUMP文件，上面的分子跑到下面，键会连起来显得非常混乱，请问如何解决呢？
谢谢
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

花先森

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2014-10-28 12:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飞利白

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
drawing method修改一下应该就可以，比如用dynamic bond
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-10-29 08:38:26
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 飞利白 at 2014-10-29 08:38:26
drawing method修改一下应该就可以，比如用dynamic bond

是的，非常感谢！
另外想请教下vmd的计算径向分布函数g(r)其中一些参数设置不清楚，
selection什么的，能解释下么，网上教程都查不到讲解rdf的
赞一下 回复此楼
3楼2014-10-29 10:37:48
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飞利白

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by Luv_XiaoMian at 2014-10-29 10:37:48
是的，非常感谢！
另外想请教下vmd的计算径向分布函数g(r)其中一些参数设置不清楚，
selection什么的，能解释下么，网上教程都查不到讲解rdf的...

用VMD计算径向分布函数g(r)，我只是用来看构型图，对VMD其实不是很熟悉，径向分布函数g(r)一般都是用其他的程序做的
赞一下 回复此楼
4楼2014-10-30 08:49:29
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 飞利白 at 2014-10-30 08:49:29
用VMD计算径向分布函数g(r)，我只是用来看构型图，对VMD其实不是很熟悉，径向分布函数g(r)一般都是用其他的程序做的...

哦好的，谢谢了
回复此楼
5楼2014-10-30 11:06:57
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

佳佳988

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
如果你知道晶胞参数，x/y/z/alpha/beta/gamma，可以借助VMD内置的pbctool工具箱，设置其边界。
可直接在vmd控制台或者Tk控制台（Main menu->Extensions->Tk Console）中输入以下命令：
pbc set {a b c alpha beta gamma} -all
pbc -unwrap
可以将此晶胞内原子脱除周期性
pbc box -on
可显示晶胞边界
赞一下 回复此楼
6楼2014-10-31 00:14:24
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

花先森

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
你好！楼主，请问曾经的这个问题你得到解决了吗，我现在也遇到这样的情况了，求解答，谢谢了！！！
赞一下 回复此楼
7楼2019-01-07 16:50:36
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Luv_XiaoMian 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭