| 查看: 2297 | 回复: 6 | |||
[求助]
gromacs 模拟出现周期性问题
|
|
求各位大神指导 我想模拟的是碳纳米管中水输运的现象 模拟图如1 可是md后中是一瞬间就出现两侧水明显不对等了如md图， 我个人感觉是z方向的周期性原因 可是又不会解决 本人是新手身边没什么人用gromacs 已经纠结这个问题一个月 求大神指导 拜托  1.png  md图.png 可能md.mdp也有问题 求指导 想用xy周期性的 可是又和我md设置的参数不符合 求指导 我都快纠结死了[ Last edited by cplove on 2013-12-1 at 18:22 ] |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : md.mdp
2013-12-01 18:19:32, 1.12 K
» 猜你喜欢
材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组
已经有26人回复
-
291求调剂
已经有10人回复
-
一志愿沪9，326求生物学调剂
已经有12人回复
-
0854求调剂
已经有26人回复
-
生物学调剂
已经有10人回复
-
求调剂
已经有3人回复
-
320求调剂
已经有5人回复
-
接受任何调剂
已经有7人回复
-
化学070300 求调剂
已经有29人回复
-
297，工科调剂?
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs无法生成gro文件
已经有5人回复
- ssh端gromacs无法运行
已经有5人回复
- gromacs水中的溶菌酶案例,哪出错了?
已经有7人回复
- gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题
已经有4人回复
- gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附
已经有9人回复
- 如何使用gromacs进行多分子模拟？
已经有7人回复
- 请教GROMACS安装
已经有8人回复
- GROMACS 小分子top文件
已经有9人回复
- 周期性边界条件相关问题
已经有6人回复
- gromacs运行出错，求方案，谢谢！！！
已经有6人回复
- 在gromacs中运行mdrun命令时出错
已经有10人回复
- Gromacs中加入离子
已经有5人回复
- 请问周期性边界条件什么意思？
已经有6人回复
- DPM模型可否使用周期性边界条件
已经有7人回复
- 【求助】gromacs周期性边界条件问题
已经有9人回复
- 【求助】如何使用gromacs中的constraint
已经有8人回复
- 【求助】GROMACS分析二面角随时间的变化
已经有4人回复
- 【原创】在gromacs的gro中插入小分子
已经有12人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
- 【求助】vasp为什么采用周期性边界条件（或超原胞模型）来处理原子分子表面体系等，有
已经有8人回复
jerkwin
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +14 - 应助: 454 (硕士)
- 金币: 20699.1
- 散金: 148
- 红花: 81
- 帖子: 813
- 在线: 2648.3小时
- 虫号: 1023452
- 注册: 2010-05-19
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
2楼2013-12-02 00:40:18
3楼2013-12-02 07:53:05
jerkwin
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +14 - 应助: 454 (硕士)
- 金币: 20699.1
- 散金: 148
- 红花: 81
- 帖子: 813
- 在线: 2648.3小时
- 虫号: 1023452
- 注册: 2010-05-19
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
4楼2013-12-02 07:56:52
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-12-02 09:27:41
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-12-02 09:27:41
|
很简单，你没有把盒子填满水，想用xy方向的周期边界条件，直接用命令： pbc=xy 即可。但是， 你这个模型必须是xyz三个方向都要周期边界条件，如果你只用xy为周期边界，那么你模型中 的水分子怎么流动？ 你这个模拟体系要是我的话会这样做： 1、先建立好石墨烯和碳纳米管的模型， 2、然后倒入gromacs中，建立模拟盒子 3、然后把体系移动到盒子中间 4、再往盒子里面加水 5、删除碳纳米管外，两片石墨之间的水 6、能量最小化 7.。。。。。。。。。。。。。。。。。。。继续往下模拟吧 |
5楼2013-12-02 09:14:41
zhuimeng08
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1381.8
- 散金: 153
- 红花: 2
- 帖子: 435
- 在线: 276小时
- 虫号: 1254053
- 注册: 2011-04-03
- 专业: 药物化学
6楼2014-03-17 11:45:06
7楼2014-03-17 14:26:24
20