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gromacs 模拟出现周期性问题
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求各位大神指导 我想模拟的是碳纳米管中水输运的现象 模拟图如1 可是md后中是一瞬间就出现两侧水明显不对等了如md图， 我个人感觉是z方向的周期性原因 可是又不会解决 本人是新手身边没什么人用gromacs 已经纠结这个问题一个月 求大神指导 拜托  1.png  md图.png 可能md.mdp也有问题 求指导 想用xy周期性的 可是又和我md设置的参数不符合 求指导 我都快纠结死了[ Last edited by cplove on 2013-12-1 at 18:22 ] |
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2013-12-01 18:19:32, 1.12 K
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【答案】应助回帖
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很简单，你没有把盒子填满水，想用xy方向的周期边界条件，直接用命令： pbc=xy 即可。但是， 你这个模型必须是xyz三个方向都要周期边界条件，如果你只用xy为周期边界，那么你模型中 的水分子怎么流动？ 你这个模拟体系要是我的话会这样做： 1、先建立好石墨烯和碳纳米管的模型， 2、然后倒入gromacs中，建立模拟盒子 3、然后把体系移动到盒子中间 4、再往盒子里面加水 5、删除碳纳米管外，两片石墨之间的水 6、能量最小化 7.。。。。。。。。。。。。。。。。。。。继续往下模拟吧 |
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