应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何使用gromacs进行多分子模拟？
81/1返回列表
查看: 2643  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yumipxd

铜虫 (初入文坛)

[求助] 如何使用gromacs进行多分子模拟？

我现在要用gromacs模拟两条链的相互作用过程，具体来说就是让两条链（分别是A和B）以一定的距离开始模拟，观察它们靠近并相互作用的过程。我手头上有分别代表A和B的两个pdb文件，接下来应该如何做呢？是先想办法把两个pdb文件合并到一个pdb中，并让A、B分子的质心距离等于模拟时的初始距离呢，还是直接使用gromacs将两个分子添加到一个盒子中呢？具体又应该怎样实现？希望有前辈能给我指出一条明路，告诉我一个大致方向，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
爱我家的猪
1楼 2012-06-13 10:23:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

草莓米粑

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-06-13 16:13:02
yumipxd: 金币+8, ★★★很有帮助 2012-06-13 17:52:54
可以分别把两个PDB转化成.gro文件，然后分别在两个盒子中设置你想放置的初值位置，两个盒子大小要一样噢。最后手动把两个.gro文件合并到一个文件即可。这样可以自定义任何距离的初始结构。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2012-06-13 16:08:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yumipxd: 金币+8, ★★★很有帮助 2012-06-13 17:53:05
zh1987hs: 金币+8, 鼓励交流 2012-06-13 18:45:59
引用回帖:
2楼: Originally posted by 草莓米粑 at 2012-06-13 16:08:19
可以分别把两个PDB转化成.gro文件，然后分别在两个盒子中设置你想放置的初值位置，两个盒子大小要一样噢。最后手动把两个.gro文件合并到一个文件即可。这样可以自定义任何距离的初始结构。

赞！

要是我的话，我做的顺序可能和你不一样，
先把两个PDB和成一个（直接把后面一个PDB的内容复制粘贴在第一个后面即可，VMD能识别。）

然后在把这一个PDB文件载入到VMD中，分别选择这两条链（atomselect 命令），然后调节两条链之间的距离（moveby命令）
然后把位置调节好之后保存（writepdb 命令）
把保存好的PDB文件作为gromacs的输入文件即可。
推荐好好看看VMD手册，这些命令的含义，VMD对做MD非常有益。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2012-06-13 16:49:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

草莓米粑

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-13 16:49:18
赞！

要是我的话，我做的顺序可能和你不一样，
先把两个PDB和成一个（直接把后面一个PDB的内容复制粘贴在第一个后面即可，VMD能识别。）

然后在把这一个PDB文件载入到VMD中，分别选择这两条链（atomselect  ...

恩。对VMD的学习还不够深刻呢。
赞一下 回复此楼
4楼2012-06-13 17:03:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yumaida

铜虫 (初入文坛)
都是高人呀！二楼高手的方法尝试了，果然管用！只是我除了控制距离外还要调节两个蛋白质的角度，有点麻烦，不过总算解决了困扰我大问题，可以进行下一步探索和学习了！
我想用三楼高手得方法再试试，看看用VMD进行角度的控制会不会简单些（如果三楼的高手有闲暇能再指点一二，小弟我当感激涕零），谢谢你们！
赞一下 回复此楼
5楼2012-06-13 17:50:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
yumipxd: 金币+4, ★★★很有帮助 2012-06-14 09:08:54
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-14 11:14:01
引用回帖:
5楼: Originally posted by yumaida at 2012-06-13 17:50:14
都是高人呀！二楼高手的方法尝试了，果然管用！只是我除了控制距离外还要调节两个蛋白质的角度，有点麻烦，不过总算解决了困扰我大问题，可以进行下一步探索和学习了！
我想用三楼高手得方法再试试，看看用VMD进行 ...

旋转一定的角度用命令
set sel [atomselect top all]    定义sel为所旋转的部分
$sel move [trans center { x0 y0 z0 } axis x S ]        
在(x0 y0 z0)处沿x 轴转S度角
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2012-06-14 07:51:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yumipxd

铜虫 (初入文坛)
我发现VMD的确是好东西呀！确实对动力学模拟有很大的帮助！只是之前用到的功能的实在太少了，无知了，呵呵，好好学习学习！
赞一下 回复此楼
爱我家的猪
7楼2012-06-14 09:11:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fish637
8楼2014-07-24 15:41:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yumipxd 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +5 薛云鹏 2026-03-15 5/250 2026-03-15 20:38 by Logic2024
[考研] 东南大学364求调剂 +3 JasonYuiui 2026-03-15 3/150 2026-03-15 18:57 by 无际的草原
[考研] 0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历 +4 曦熙兮 2026-03-15 4/200 2026-03-15 18:01 by JourneyLucky
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 268求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-14 6/300 2026-03-14 22:20 by 运气yunqi
[教师之家] 焦虑 +5 水冰月月野兔 2026-03-13 7/350 2026-03-14 15:14 by 农药害害
[考研] 301求调剂 +3 归零lbm 2026-03-09 3/150 2026-03-14 02:20 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 清风问长安 2026-03-09 3/150 2026-03-14 02:15 by JourneyLucky
[考研] 288求调剂 +14 王晓阳- 2026-03-09 19/950 2026-03-14 02:05 by JourneyLucky
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-09 3/150 2026-03-14 01:57 by JourneyLucky
[考研] 复试调剂 +9 Copy267 2026-03-10 9/450 2026-03-13 23:45 by userper
[考研] 求材料调剂 +5 隔壁陈先生 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:03 by 星空星月
[考研] ［0860］321分求调剂，ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[考研] 332求调剂 +3 Zz版 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:36 by 18595523086
[硕博家园] 深圳大学硕士招生（2026秋，传感器方向，仅录取第一志愿） +4 xujiaoszu 2026-03-11 7/350 2026-03-13 17:28 by xujiaoszu
[考研] 材料专硕350 求调剂 +4 王金科 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:02 by ruiyingmiao
[考研] 277求调剂 +4 anchor17 2026-03-12 4/200 2026-03-13 11:15 by 白夜悠长
[考研] 求调剂 资源与环境 285 +3 未名考生 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:31 by houyaoxu
[考研] 化工学硕306求调剂 +9 42838695 2026-03-12 9/450 2026-03-13 10:16 by houyaoxu
[考研] 0856材料与化工353分求调剂 +11 NIFFFfff 2026-03-09 11/550 2026-03-10 18:36 by suyuanhai
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭