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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何使用gromacs进行多分子模拟？
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yumipxd

铜虫 (初入文坛)

[求助] 如何使用gromacs进行多分子模拟？

我现在要用gromacs模拟两条链的相互作用过程，具体来说就是让两条链（分别是A和B）以一定的距离开始模拟，观察它们靠近并相互作用的过程。我手头上有分别代表A和B的两个pdb文件，接下来应该如何做呢？是先想办法把两个pdb文件合并到一个pdb中，并让A、B分子的质心距离等于模拟时的初始距离呢，还是直接使用gromacs将两个分子添加到一个盒子中呢？具体又应该怎样实现？希望有前辈能给我指出一条明路，告诉我一个大致方向，谢谢！
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爱我家的猪
1楼 2012-06-13 10:23:42
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草莓米粑

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-06-13 16:13:02
yumipxd: 金币+8, ★★★很有帮助 2012-06-13 17:52:54
可以分别把两个PDB转化成.gro文件，然后分别在两个盒子中设置你想放置的初值位置，两个盒子大小要一样噢。最后手动把两个.gro文件合并到一个文件即可。这样可以自定义任何距离的初始结构。
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2楼2012-06-13 16:08:19
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yumipxd: 金币+8, ★★★很有帮助 2012-06-13 17:53:05
zh1987hs: 金币+8, 鼓励交流 2012-06-13 18:45:59
引用回帖:
2楼: Originally posted by 草莓米粑 at 2012-06-13 16:08:19
可以分别把两个PDB转化成.gro文件，然后分别在两个盒子中设置你想放置的初值位置，两个盒子大小要一样噢。最后手动把两个.gro文件合并到一个文件即可。这样可以自定义任何距离的初始结构。

赞！

要是我的话，我做的顺序可能和你不一样，
先把两个PDB和成一个（直接把后面一个PDB的内容复制粘贴在第一个后面即可，VMD能识别。）

然后在把这一个PDB文件载入到VMD中，分别选择这两条链（atomselect 命令），然后调节两条链之间的距离（moveby命令）
然后把位置调节好之后保存（writepdb 命令）
把保存好的PDB文件作为gromacs的输入文件即可。
推荐好好看看VMD手册，这些命令的含义，VMD对做MD非常有益。
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3楼2012-06-13 16:49:18
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草莓米粑

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-13 16:49:18
赞！

要是我的话，我做的顺序可能和你不一样，
先把两个PDB和成一个（直接把后面一个PDB的内容复制粘贴在第一个后面即可，VMD能识别。）

然后在把这一个PDB文件载入到VMD中，分别选择这两条链（atomselect  ...

恩。对VMD的学习还不够深刻呢。
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4楼2012-06-13 17:03:21
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yumaida

铜虫 (初入文坛)
都是高人呀！二楼高手的方法尝试了，果然管用！只是我除了控制距离外还要调节两个蛋白质的角度，有点麻烦，不过总算解决了困扰我大问题，可以进行下一步探索和学习了！
我想用三楼高手得方法再试试，看看用VMD进行角度的控制会不会简单些（如果三楼的高手有闲暇能再指点一二，小弟我当感激涕零），谢谢你们！
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5楼2012-06-13 17:50:14
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
yumipxd: 金币+4, ★★★很有帮助 2012-06-14 09:08:54
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-14 11:14:01
引用回帖:
5楼: Originally posted by yumaida at 2012-06-13 17:50:14
都是高人呀！二楼高手的方法尝试了，果然管用！只是我除了控制距离外还要调节两个蛋白质的角度，有点麻烦，不过总算解决了困扰我大问题，可以进行下一步探索和学习了！
我想用三楼高手得方法再试试，看看用VMD进行 ...

旋转一定的角度用命令
set sel [atomselect top all]    定义sel为所旋转的部分
$sel move [trans center { x0 y0 z0 } axis x S ]        
在(x0 y0 z0)处沿x 轴转S度角
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6楼2012-06-14 07:51:43
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yumipxd

铜虫 (初入文坛)
我发现VMD的确是好东西呀！确实对动力学模拟有很大的帮助！只是之前用到的功能的实在太少了，无知了，呵呵，好好学习学习！
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爱我家的猪
7楼2012-06-14 09:11:27
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fish637
8楼2014-07-24 15:41:07
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