| 查看: 3315 | 回复: 7 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
yumipxd铜虫 (初入文坛)
|
[求助]
如何使用gromacs进行多分子模拟？
|
|
| 我现在要用gromacs模拟两条链的相互作用过程，具体来说就是让两条链（分别是A和B）以一定的距离开始模拟，观察它们靠近并相互作用的过程。我手头上有分别代表A和B的两个pdb文件，接下来应该如何做呢？是先想办法把两个pdb文件合并到一个pdb中，并让A、B分子的质心距离等于模拟时的初始距离呢，还是直接使用gromacs将两个分子添加到一个盒子中呢？具体又应该怎样实现？希望有前辈能给我指出一条明路，告诉我一个大致方向，谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果
已经有21人回复
-
能否退出参与的面上项目解除限项
已经有17人回复
-
估计是周四
已经有4人回复
-
我面上完蛋了
已经有9人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有18人回复
-
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有15人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有7人回复
-
朋友圈看到的
已经有9人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有16人回复
-
放榜前的不淡定
已经有17人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs模拟
已经有4人回复
- 请教GROMACS安装
已经有8人回复
- GROMACS 小分子top文件
已经有9人回复
- Gromacs是如何算溶液的介电常数的啊
已经有4人回复
- Gromacs实现的模拟
已经有3人回复
- Gromacs中加入离子
已经有5人回复
- 用gromacs如何实现 zero tension simulation
已经有8人回复
- 【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场
已经有8人回复
- 【求助】用Gromacs模拟小分子药物及一定辅料在水溶液中的形态该，该如何开始？
已经有6人回复
- 【求助】如何使用gromacs中的constraint
已经有8人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
yumipxd
铜虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 50.5
- 帖子: 13
- 在线: 6.1小时
- 虫号: 1830154
- 注册: 2012-05-22
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
7楼2012-06-14 09:11:27
2楼2012-06-13 16:08:19
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yumipxd: 金币+8, ★★★很有帮助 2012-06-13 17:53:05
zh1987hs: 金币+8, 鼓励交流 2012-06-13 18:45:59
感谢参与，应助指数 +1
yumipxd: 金币+8, ★★★很有帮助 2012-06-13 17:53:05
zh1987hs: 金币+8, 鼓励交流 2012-06-13 18:45:59
|
赞！ 要是我的话，我做的顺序可能和你不一样， 先把两个PDB和成一个（直接把后面一个PDB的内容复制粘贴在第一个后面即可，VMD能识别。） 然后在把这一个PDB文件载入到VMD中，分别选择这两条链（atomselect 命令），然后调节两条链之间的距离（moveby命令） 然后把位置调节好之后保存（writepdb 命令） 把保存好的PDB文件作为gromacs的输入文件即可。 推荐好好看看VMD手册，这些命令的含义，VMD对做MD非常有益。 |
3楼2012-06-13 16:49:18
4楼2012-06-13 17:03:21
20