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yumipxd铜虫 (初入文坛)
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如何使用gromacs进行多分子模拟？
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| 我现在要用gromacs模拟两条链的相互作用过程，具体来说就是让两条链（分别是A和B）以一定的距离开始模拟，观察它们靠近并相互作用的过程。我手头上有分别代表A和B的两个pdb文件，接下来应该如何做呢？是先想办法把两个pdb文件合并到一个pdb中，并让A、B分子的质心距离等于模拟时的初始距离呢，还是直接使用gromacs将两个分子添加到一个盒子中呢？具体又应该怎样实现？希望有前辈能给我指出一条明路，告诉我一个大致方向，谢谢！ |
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2楼2012-06-13 16:08:19
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
yumipxd: 金币+8, ★★★很有帮助 2012-06-13 17:53:05
zh1987hs: 金币+8, 鼓励交流 2012-06-13 18:45:59
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赞！ 要是我的话，我做的顺序可能和你不一样， 先把两个PDB和成一个（直接把后面一个PDB的内容复制粘贴在第一个后面即可，VMD能识别。） 然后在把这一个PDB文件载入到VMD中，分别选择这两条链（atomselect 命令），然后调节两条链之间的距离（moveby命令） 然后把位置调节好之后保存（writepdb 命令） 把保存好的PDB文件作为gromacs的输入文件即可。 推荐好好看看VMD手册，这些命令的含义，VMD对做MD非常有益。 |
3楼2012-06-13 16:49:18
4楼2012-06-13 17:03:21
5楼2012-06-13 17:50:14
6楼2012-06-14 07:51:43
yumipxd
铜虫 (初入文坛)
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- 虫号: 1830154
- 注册: 2012-05-22
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
7楼2012-06-14 09:11:27
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8楼2014-07-24 15:41:07