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xuancaohaha新虫 (小有名气)
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[求助]
分子动力学模拟与VMD怎么结合
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大家好,第一次发贴,希望不吝指教. 我自己编程做MD,输出一些数据文件(xxx.vtf格式),具体形式如下: timestep pbcbox 42.226688 42.226688 42.226688 -15.835008 -15.835008 -15.835008 0.052793 0.536114 0.842493 0.901868 -5.278336 -15.835008 -15.835008 0.144668 0.291819 0.945470 0.932443 5.278336 -15.835008 -15.835008 0.121838 0.139251 0.982733 0.944791 15.835008 -15.835008 -15.835008 -0.009287 0.243644 0.969820 0.903172 -15.835008 -5.278336 -15.835008 0.045699 0.475268 0.878653 0.891435 -5.278336 -5.278336 -15.835008 0.164928 0.228012 0.959588 0.934654 timestep pbcbox 42.226688 42.226688 42.226688 -15.835008 -15.835008 -15.835008 0.052793 0.536114 0.842493 0.901868 -5.278336 -15.835008 -15.835008 0.144668 0.291819 0.945470 0.932443 5.278336 -15.835008 -15.835008 0.121838 0.139251 0.982733 0.944791 15.835008 -15.835008 -15.835008 -0.009287 0.243644 0.969820 0.903172 -15.835008 -5.278336 -15.835008 0.045699 0.475268 0.878653 0.891435 -5.278336 -5.278336 -15.835008 0.164928 0.228012 0.959588 0.934654 数据的前三列为 xyz坐标,4,5,6列是想在该坐标处画个矢量,7列为该做标点的强度(就是想根据7列的值标定该点的颜色). 请问VMD能实现我这种要求么,我看了下VMD的教程,觉得VMD很强大,但是教程里讲解的输入文件都是xxx.pdb格式的,我猜应该是某些模拟软件输出的文件.不知道想我这种自己输出来的文件该怎么做美观的图. |
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 VMD 软件 |
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