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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 分子动力学模拟与VMD怎么结合
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xuancaohaha

新虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学模拟与VMD怎么结合

大家好,第一次发贴,希望不吝指教. 我自己编程做MD,输出一些数据文件(xxx.vtf格式),具体形式如下:
timestep
pbcbox 42.226688 42.226688 42.226688
-15.835008  -15.835008  -15.835008  0.052793  0.536114  0.842493  0.901868
-5.278336  -15.835008  -15.835008  0.144668  0.291819  0.945470  0.932443
5.278336  -15.835008  -15.835008  0.121838  0.139251  0.982733  0.944791
15.835008  -15.835008  -15.835008  -0.009287  0.243644  0.969820  0.903172
-15.835008  -5.278336  -15.835008  0.045699  0.475268  0.878653  0.891435
-5.278336  -5.278336  -15.835008  0.164928  0.228012  0.959588  0.934654
timestep
pbcbox 42.226688 42.226688 42.226688
-15.835008  -15.835008  -15.835008  0.052793  0.536114  0.842493  0.901868
-5.278336  -15.835008  -15.835008  0.144668  0.291819  0.945470  0.932443
5.278336  -15.835008  -15.835008  0.121838  0.139251  0.982733  0.944791
15.835008  -15.835008  -15.835008  -0.009287  0.243644  0.969820  0.903172
-15.835008  -5.278336  -15.835008  0.045699  0.475268  0.878653  0.891435
-5.278336  -5.278336  -15.835008  0.164928  0.228012  0.959588  0.934654
数据的前三列为 xyz坐标,4,5,6列是想在该坐标处画个矢量,7列为该做标点的强度(就是想根据7列的值标定该点的颜色).
请问VMD能实现我这种要求么,我看了下VMD的教程,觉得VMD很强大,但是教程里讲解的输入文件都是xxx.pdb格式的,我猜应该是某些模拟软件输出的文件.不知道想我这种自己输出来的文件该怎么做美观的图.
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1楼 2013-05-19 12:58:13
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-19 14:10:17
vmd支持多种文件格式，包括vtf 格式，加载你的文件后文件类型选择vtf就可以了，如果不能加载那就是你文件格式有问题。
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2楼2013-05-19 13:26:03
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-19 14:10:24
其实Pdb格式很简单啊，你随便下一个Pdb文件看看就知道这个格式是怎么回事了，然后你输出Pdb格式就好了

当然比Pdb格式还要简单的是Xyz格式。。。
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3楼2013-05-19 14:09:21
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你要先把坐标转换成vmd可读的文件格式 比如PDB 其实也很简单
ATOM 名字 类型 坐标x y z 温度系数（一般无用）
矢量染色什么的可以通过TCL脚本来实现 好像在教程里也有的
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4楼2013-05-20 09:44:45
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