应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 分子动力学模拟与VMD怎么结合
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
41/1返回列表
查看: 1719  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xuancaohaha

新虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学模拟与VMD怎么结合

大家好,第一次发贴,希望不吝指教. 我自己编程做MD,输出一些数据文件(xxx.vtf格式),具体形式如下:
timestep
pbcbox 42.226688 42.226688 42.226688
-15.835008  -15.835008  -15.835008  0.052793  0.536114  0.842493  0.901868
-5.278336  -15.835008  -15.835008  0.144668  0.291819  0.945470  0.932443
5.278336  -15.835008  -15.835008  0.121838  0.139251  0.982733  0.944791
15.835008  -15.835008  -15.835008  -0.009287  0.243644  0.969820  0.903172
-15.835008  -5.278336  -15.835008  0.045699  0.475268  0.878653  0.891435
-5.278336  -5.278336  -15.835008  0.164928  0.228012  0.959588  0.934654
timestep
pbcbox 42.226688 42.226688 42.226688
-15.835008  -15.835008  -15.835008  0.052793  0.536114  0.842493  0.901868
-5.278336  -15.835008  -15.835008  0.144668  0.291819  0.945470  0.932443
5.278336  -15.835008  -15.835008  0.121838  0.139251  0.982733  0.944791
15.835008  -15.835008  -15.835008  -0.009287  0.243644  0.969820  0.903172
-15.835008  -5.278336  -15.835008  0.045699  0.475268  0.878653  0.891435
-5.278336  -5.278336  -15.835008  0.164928  0.228012  0.959588  0.934654
数据的前三列为 xyz坐标,4,5,6列是想在该坐标处画个矢量,7列为该做标点的强度(就是想根据7列的值标定该点的颜色).
请问VMD能实现我这种要求么,我看了下VMD的教程,觉得VMD很强大,但是教程里讲解的输入文件都是xxx.pdb格式的,我猜应该是某些模拟软件输出的文件.不知道想我这种自己输出来的文件该怎么做美观的图.
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

VMD 软件

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-19 12:58:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-19 14:10:17
vmd支持多种文件格式，包括vtf 格式，加载你的文件后文件类型选择vtf就可以了，如果不能加载那就是你文件格式有问题。
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-19 13:26:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-19 14:10:24
其实Pdb格式很简单啊，你随便下一个Pdb文件看看就知道这个格式是怎么回事了，然后你输出Pdb格式就好了

当然比Pdb格式还要简单的是Xyz格式。。。
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-19 14:09:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你要先把坐标转换成vmd可读的文件格式 比如PDB 其实也很简单
ATOM 名字 类型 坐标x y z 温度系数（一般无用）
矢量染色什么的可以通过TCL脚本来实现 好像在教程里也有的
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-05-20 09:44:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xuancaohaha 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0855求调剂材料 +11 红桃灼灼 2026-04-04 12/600 2026-04-06 10:26 by 蓝云思雨
[考研] 316求调剂 +5 yyx想调剂 2026-04-05 5/250 2026-04-05 22:22 by 咔咔咔咔9
[考研] 材料工程302分求调剂 +9 zyx上岸！ 2026-04-04 9/450 2026-04-05 22:08 by 醉翁wl
[考研] 求助071001调剂！！！ +3 黄守松 2026-04-05 4/200 2026-04-05 21:01 by barlinike
[考研] 285求调剂 +4 恶法大二的气味� 2026-04-05 5/250 2026-04-05 20:32 by 286640313
[考研] 0703化学321分求调剂 +17 三dd. 2026-03-30 18/900 2026-04-05 18:07 by 蓝云思雨
[考研] 311分 22408 求调剂 +3 bing_bot 2026-04-03 3/150 2026-04-05 00:43 by chongya
[考研] 290求调剂 +7 luoziheng 2026-04-04 7/350 2026-04-04 23:17 by lqwchd
[考研] 085602 找调剂 +4 逆时针快乐 2026-04-02 4/200 2026-04-04 19:32 by 蓝云思雨
[考研] 321求调剂 +13 认真求上学 2026-04-02 13/650 2026-04-04 18:23 by macy2011
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +4 zhouzhen654 2026-04-03 4/200 2026-04-04 18:10 by 猪会飞
[考研] 325求调剂 +4 春风不借意 2026-04-04 4/200 2026-04-04 14:46 by 湘农储能材料
[考研] 294求调剂 +6 Grey_Ey 2026-04-03 6/300 2026-04-03 20:46 by 欣喜777
[基金申请] esi高被引论文是不是能对中标有所加分和帮助呢 +5 redcom 2026-04-01 6/300 2026-04-03 15:15 by Howard28
[考研] 311求调剂一志愿合肥工业大学 +15 秋二十二 2026-03-30 15/750 2026-04-03 10:19 by linyelide
[考研] 085801 总分275 本科新能源 求调剂 +19 bradoner 2026-04-01 23/1150 2026-04-03 10:07 by linyelide
[考研] 专硕 351 086100 也是考的材科基 本科也是材料 +8 202451007219 2026-04-02 8/400 2026-04-03 09:50 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿山东大学，085600，344 +7 魏子per 2026-04-02 8/400 2026-04-02 21:12 by 百灵童888
[考研] 377求调剂 +3 RASKIN 2026-04-02 3/150 2026-04-02 09:45 by zzchen2000
[考研] 求调剂，一志愿南京师范大学计算机专硕，初试373，六级通过， +3 计算机追梦人 2026-04-01 3/150 2026-04-02 07:57 by fxue1114
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭