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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 分子动力学模拟轨迹文件格式的选择问题
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chenjingzhi

金虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学模拟轨迹文件格式的选择问题 已有2人参与

如果分子信息的文件我是用PDB和PSF，根据VMD教程，轨迹文件使用的是DCD文件格式，但是DCD文件格式是二进制的文件，因此作为自编程的人来说不论是读取还是写入都比较困难，请问是不是PDB搭配PSF只能使用DCD轨迹文件，如果不是那么轨迹文件都有哪些选择呢，哪一些比较容易读写？如果只能搭配DCD文件格式，请问DCD文件格式如何进行读写。谢谢。
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1楼 2014-05-22 11:45:13
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-05-30 19:29:05
干嘛要那么麻烦啊？
VMD自己带的tcl脚本程序就能读取DCD文件里的信息啊

mol  load psf kkkk.psf dcd kkkkkkkkk.dcd 就可载入
然后根据自己需要，读取相应的信息即可。
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2楼2014-05-22 14:50:30
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chenjingzhi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-05-22 14:50:30
干嘛要那么麻烦啊？
VMD自己带的tcl脚本程序就能读取DCD文件里的信息啊

mol  load psf kkkk.psf dcd kkkkkkkkk.dcd 就可载入
然后根据自己需要，读取相应的信息即可。

不好意思，可能我没说清楚吧，我是想生成DCD文件，把我的轨迹写成DCD格式的文件，所以我想了解DCD文件如何生成，或者有没有其他的格式的文件也能用于记录模拟的轨迹。
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3楼2014-05-22 19:00:45
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chenjingzhi: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2014-05-23 14:39:08
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-05-30 19:29:12
如何生成DCD文件，你可以看一下namd的源程序即可。
其他格式的轨迹文件有很多把，不同的软件输出的格式都不一样，比如lammps能根据你自己的设置输出不同的格式。gromacs能输出.xtc .trr等不同格式的轨迹文件
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4楼2014-05-22 21:17:50
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chenjingzhi: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢提醒 2014-05-23 14:39:56
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:29:17
用二进制文件主要是省空间 要是不怕浪费硬盘空间 把所有的pdb文件合成一个pdb就是轨迹了

[ 发自小木虫客户端 ]
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
5楼2014-05-23 09:53:06
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