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haiyanqian

木虫 (小有名气)

[求助] 对接的分子用于分子动力学模拟的问题已有2人参与

我想请问一下大家,就是在用Amber进行分子动力学模拟的时候,对于没有晶体结构的分子,通过分子对接的方法将配体对接进去。然后用于动力学的模拟,比如说我进行了10ns 的分子动力学模拟,我后面取出最后的小分子构象,与最初的小分子对接的构象进行叠合,发现结构变化还是挺大的。我不知道这个结果是不是属于正常现象,跑完动力学的构象与之前得对接结果是会有差异的,还是说我最初的分子对接的构象就不合理呢?
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haiyanqian

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-01-21 14:39:25
就是会有不一样的,你跑完模拟导出的构象,是最后一帧的构象,肯定会发生变化的,这是正常现象

还有我想请问一下,就是对于有晶体结构,一般文献上面跑个几个ns蛋白的碳骨架还有口袋残基的RMSD基本上就很平了,而我那个一直不是很平。从结构上来看,我的蛋白口袋附近有个比较大的Loop区 ,您之前做动力学的时候有没有遇到过类似的这样的蛋白,后面是怎么做的呢?
3楼2014-01-22 10:01:27
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870277182

铁虫 (小有名气)

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感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-21 18:13:42
就是会有不一样的,你跑完模拟导出的构象,是最后一帧的构象,肯定会发生变化的,这是正常现象
2楼2014-01-21 14:39:25
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smutao

禁虫 (著名写手)


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-23 16:22:45
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4楼2014-01-22 21:41:39
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haiyanqian

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by smutao at 2014-01-22 21:41:39
每个体系的蛋白都有自己的稳定性,如果是天然的蛋白,照理说,md到了后期,rmsd是非常稳定的,这个你自己应该也能想通。如果你的蛋白是WT,那么照理说恒压md做到后期,rmsd应该是相对稳定的,你自己查看结构是,肽 ...

对于我的有晶体结构的蛋白,在进行了50ns的动力学模拟之后,一般来说这么长时间了RMSD肯定是非常稳定了的,但是再后面继续跑,发现蛋白骨架的RMSD逐渐升高,请问一下这个可能是什么原因造成的呢?
5楼2014-01-22 22:00:01
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smutao

禁虫 (著名写手)

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6楼2014-01-22 22:10:55
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smutao

禁虫 (著名写手)

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7楼2014-01-22 22:11:23
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haiyanqian

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by smutao at 2014-01-22 22:11:23
另外,晶体蛋白里面数据是缺失的...

晶体蛋白里面数据缺失是指什么?
8楼2014-01-23 09:17:46
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smutao

禁虫 (著名写手)

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9楼2014-01-23 11:38:19
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-23 16:23:05
引用回帖:
5楼: Originally posted by haiyanqian at 2014-01-22 22:00:01
对于我的有晶体结构的蛋白,在进行了50ns的动力学模拟之后,一般来说这么长时间了RMSD肯定是非常稳定了的,但是再后面继续跑,发现蛋白骨架的RMSD逐渐升高,请问一下这个可能是什么原因造成的呢?...

以前我也遇到过这种情况,一般要么就是你最小化跑的太短了,还有一种情况就是你计算RMSD的时候,选择的是哪一个group,你要是选整个蛋白的话,可能就会不稳定,要是全backbone或者Cα,就会相对稳定了
10楼2014-01-23 14:09:44
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