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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

[求助] 分子对接前,大分子的前处理

从数据库现在的大分子文件中,含有一个配体与氨基酸残基-S-S-结合,这个修饰后的残基怎么处理,是直接删掉这个配体吗,删掉后结构需要优化吗?大家是怎么处理这种活性位点被化学修饰的氨基酸残基,以用于分子对接?谢谢
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紫漠残星

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-14 08:04:03
gouyi: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-12-14 21:26:21
我的处理方法是直接在pdb文件上把小分子删除,然后还是需要优化下的。不过我也是新手,不知道这么做有没有问题。。。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
努力,不放弃
2楼2012-12-14 01:20:48
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

引用回帖:
2楼: Originally posted by 紫漠残星 at 2012-12-14 01:20:48
我的处理方法是直接在pdb文件上把小分子删除,然后还是需要优化下的。不过我也是新手,不知道这么做有没有问题。。。

我这样做可以不优化吗---把那个修饰的残基采用柔性对接。
生命不止,奋斗不息;天赋人责,舍我其谁!
3楼2012-12-14 10:14:46
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紫漠残星

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gouyi at 2012-12-14 10:14:46
我这样做可以不优化吗---把那个修饰的残基采用柔性对接。...

最好还是优化下,不需要太久,但是对你的体系稳定有帮助
努力,不放弃
4楼2012-12-14 20:23:48
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caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-16 09:45:52
gouyi: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-12-16 22:21:11
关键是看你要做什么对接,配体和蛋白S-S 形成的是二硫键(共价键)。删除配体后,你想用什么分子来对接呢?
5楼2012-12-16 00:08:02
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wl507586

禁虫 (小有名气)

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gouyi: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-12-16 22:22:35
本帖内容被屏蔽

6楼2012-12-16 10:48:40
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

引用回帖:
5楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-12-16 00:08:02
关键是看你要做什么对接,配体和蛋白S-S 形成的是二硫键(共价键)。删除配体后,你想用什么分子来对接呢?

是一个没有含有硫原子的配体
生命不止,奋斗不息;天赋人责,舍我其谁!
7楼2012-12-16 22:22:03
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

引用回帖:
6楼: Originally posted by wl507586 at 2012-12-16 10:48:40
这要看你的软件要求了,我做的时候采用以配体为中心生成格点文件,然后再对接,所以对配体分子不删除... ...

我是用autodock
生命不止,奋斗不息;天赋人责,舍我其谁!
8楼2012-12-16 22:22:54
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caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★
gouyi: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-12-17 15:19:18
http://www.bioms.org/thread-195-1-1.html   这里有Bioms小组翻译的官方autodock4.2 说明书下载。希望对你有帮助。
9楼2012-12-17 14:52:00
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★
gouyi: 金币+2, 有帮助 2012-12-17 19:36:49
1:先加氢,计算电荷保存成pdb格式
2:在grid里面,转换成pdbqt格式
10楼2012-12-17 18:21:05
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