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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子对接前，大分子的前处理
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

[求助] 分子对接前，大分子的前处理

从数据库现在的大分子文件中，含有一个配体与氨基酸残基-S-S-结合，这个修饰后的残基怎么处理，是直接删掉这个配体吗，删掉后结构需要优化吗？大家是怎么处理这种活性位点被化学修饰的氨基酸残基，以用于分子对接？谢谢
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生命不止，奋斗不息；天赋人责，舍我其谁！
1楼 2012-12-13 21:47:15
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紫漠残星

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-14 08:04:03
gouyi: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-12-14 21:26:21
我的处理方法是直接在pdb文件上把小分子删除，然后还是需要优化下的。不过我也是新手，不知道这么做有没有问题。。。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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努力，不放弃
2楼2012-12-14 01:20:48
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok
引用回帖:
2楼: Originally posted by 紫漠残星 at 2012-12-14 01:20:48
我的处理方法是直接在pdb文件上把小分子删除，然后还是需要优化下的。不过我也是新手，不知道这么做有没有问题。。。

我这样做可以不优化吗---把那个修饰的残基采用柔性对接。
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3楼2012-12-14 10:14:46
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gouyi at 2012-12-14 10:14:46
我这样做可以不优化吗---把那个修饰的残基采用柔性对接。...

最好还是优化下，不需要太久，但是对你的体系稳定有帮助
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努力，不放弃
4楼2012-12-14 20:23:48
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-16 09:45:52
gouyi: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-12-16 22:21:11
关键是看你要做什么对接，配体和蛋白S-S 形成的是二硫键（共价键）。删除配体后，你想用什么分子来对接呢？
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5楼2012-12-16 00:08:02
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wl507586

禁虫 (小有名气)
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gouyi: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-12-16 22:22:35
本帖内容被屏蔽
6楼2012-12-16 10:48:40
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok
引用回帖:
5楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-12-16 00:08:02
关键是看你要做什么对接，配体和蛋白S-S 形成的是二硫键（共价键）。删除配体后，你想用什么分子来对接呢？

是一个没有含有硫原子的配体
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生命不止，奋斗不息；天赋人责，舍我其谁！
7楼2012-12-16 22:22:03
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok
引用回帖:
6楼: Originally posted by wl507586 at 2012-12-16 10:48:40
这要看你的软件要求了，我做的时候采用以配体为中心生成格点文件,然后再对接，所以对配体分子不删除... ...

我是用autodock
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生命不止，奋斗不息；天赋人责，舍我其谁！
8楼2012-12-16 22:22:54
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gouyi: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-12-17 15:19:18
http://www.bioms.org/thread-195-1-1.html   这里有Bioms小组翻译的官方autodock4.2 说明书下载。希望对你有帮助。
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9楼2012-12-17 14:52:00
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gouyi: 金币+2, ★有帮助 2012-12-17 19:36:49
1:先加氢，计算电荷保存成pdb格式
2：在grid里面，转换成pdbqt格式
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10楼2012-12-17 18:21:05
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