24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3010  |  回复: 11

yuguangyun

新虫 (小有名气)

[求助] 蛋白质-蛋白质对接

各位大侠好,小弟现在做蛋白和受体对接。受体是toll5受体,蛋白质是一植物凝集素。我在对接前先要找出toll5受体的结合位点,请问如何寻找,用ds里面的define binding site 可靠吗,你们是如何做蛋白蛋白对接的。说说操作过程吧》急需啊…………
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

学好专业知识
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuguangyun

新虫 (小有名气)

自己顶一下
学好专业知识
2楼2012-04-25 19:15:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-26 10:03:50
蛋白蛋白对接应该用zdock,建议你从网上直接找相关的教程照着做
3楼2012-04-26 08:07:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuguangyun

新虫 (小有名气)

谢谢,我是按照ds教程做的。但是教程的作法里面,对节前没有涉及到活性位点的事情,而且我拿对接后的其中一个POSE跑了动力学,跑到第一步就出错了……不知道什么原因
学好专业知识
4楼2012-04-26 13:37:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

苹果变菠萝

金虫 (小有名气)

我的ZDOCK结果跑动力学效果也不好。。。LZ解决了问题,求回复
5楼2012-04-28 11:42:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fmtzhangli

金虫 (小有名气)


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-28 13:05:57
ZDOCK是 initial-stage protein-docking algorithm
得到的结果不够准确,可用rosettadock验证一下
6楼2012-04-28 12:59:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuguangyun

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 苹果变菠萝 at 2012-04-28 11:42:29:
我的ZDOCK结果跑动力学效果也不好。。。LZ解决了问题,求回复

我先从PUBMED数据库中查找的它的活性位点,在对接的时候,DS模块里面有receptor binding site 可以初步定义结合位点。然后执行结合命令。我是这么做的,还没跑啊动力学不知道结果如何
学好专业知识
7楼2012-04-28 21:03:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jwwang_lq

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, thank you 2012-04-29 14:14:50
3D-dock应该比较适合你的情况。
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/docking/
老实人
8楼2012-04-29 13:20:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuguangyun

新虫 (小有名气)

Please note that these programs are no longer supported and no development has taken place for over 10-years. The development team are no longer with us. Therefore the email addresses will not work. You may still download various program components but we can offer no support. These pages are only here for historical reasons.
学好专业知识
9楼2012-04-30 08:47:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

renjinhong

金虫 (小有名气)


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-06-14 20:53:23
可以试试haddock,做大分子对接的
10楼2012-06-14 20:36:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yuguangyun 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 08600生物与医药-327 +6 18755400796 2026-04-05 6/300 2026-04-05 22:03 by imissbao
[考研] 计算机11408,286分求调剂 +7 木子念晞 2026-04-05 7/350 2026-04-05 19:02 by chy09050039
[考研] 工科08-机械专硕-求调剂 +3 雷欧飞踢 2026-04-02 3/150 2026-04-05 18:49 by 蓝云思雨
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +8 梁富贵险中求 2026-04-04 8/400 2026-04-05 18:01 by 猪会飞
[考研] 调剂 +8 熊二想上岸 2026-04-04 8/400 2026-04-05 05:27 by houyaoxu
[考研] 材料与化工306分找调剂 +12 沧海轻舟e 2026-04-03 13/650 2026-04-04 23:45 by lqwchd
[论文投稿] 求文献 5+3 ys879651$ 2026-04-02 3/150 2026-04-04 17:22 by bobvan
[考研] 土木304求调剂 +4 兔突突突, 2026-03-31 4/200 2026-04-04 13:34 by 1753564080
[考研] 求调剂,一志愿北京中医药大学 +3 小小达不溜 2026-04-02 3/150 2026-04-03 22:55 by 冲矢昴星团
[考研] 292求调剂 +21 是妍子也是研子 2026-03-30 22/1100 2026-04-03 21:44 by qlm5820
[考研] 11408,284分,二战真诚求调剂 +4 12.27 2026-04-02 4/200 2026-04-03 14:14 by dxiaoxin
[考研] 求调剂 +9 akdhjs 2026-03-31 11/550 2026-04-03 13:32 by akdhjs
[考研] 求调剂22408 288分 +5 new382 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:13 by 醉在风里
[考研] 295求调剂 +7 愿旅途永远坦然 2026-04-02 7/350 2026-04-03 08:22 by fangshan711
[考研] 交通运输考试264分求工科调剂 +4 jike777 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:53 by zllcz
[考研] 260求调剂 +6 朱芷琳 2026-04-02 6/300 2026-04-02 20:27 by 6781022
[考研] 362求调剂 +14 西南交材料专硕3 2026-03-31 14/700 2026-04-02 17:50 by yunlongyang
[考研] 085601一志愿中山大学深圳材料工程330求调剂 +8 pipiver 2026-03-30 8/400 2026-04-02 12:01 by ms629
[考研] 求调剂 +4 图鉴212 2026-03-30 5/250 2026-04-01 15:32 by 图鉴212
[考研] 福建理工大学材料学院先进合金团队招收考研调剂学生 +3 大华金商都 2026-03-30 4/200 2026-03-31 01:04 by 方英俊602
信息提示
请填处理意见