24小时热门版块排行榜    

查看: 3261  |  回复: 11

yuguangyun

新虫 (小有名气)

[求助] 蛋白质-蛋白质对接

各位大侠好,小弟现在做蛋白和受体对接。受体是toll5受体,蛋白质是一植物凝集素。我在对接前先要找出toll5受体的结合位点,请问如何寻找,用ds里面的define binding site 可靠吗,你们是如何做蛋白蛋白对接的。说说操作过程吧》急需啊…………
回复此楼
学好专业知识
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuguangyun

新虫 (小有名气)

自己顶一下
学好专业知识
2楼2012-04-25 19:15:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-26 10:03:50
蛋白蛋白对接应该用zdock,建议你从网上直接找相关的教程照着做
3楼2012-04-26 08:07:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuguangyun

新虫 (小有名气)

谢谢,我是按照ds教程做的。但是教程的作法里面,对节前没有涉及到活性位点的事情,而且我拿对接后的其中一个POSE跑了动力学,跑到第一步就出错了……不知道什么原因
学好专业知识
4楼2012-04-26 13:37:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

苹果变菠萝

金虫 (小有名气)

我的ZDOCK结果跑动力学效果也不好。。。LZ解决了问题,求回复
5楼2012-04-28 11:42:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fmtzhangli

金虫 (小有名气)


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-28 13:05:57
ZDOCK是 initial-stage protein-docking algorithm
得到的结果不够准确,可用rosettadock验证一下
6楼2012-04-28 12:59:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuguangyun

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 苹果变菠萝 at 2012-04-28 11:42:29:
我的ZDOCK结果跑动力学效果也不好。。。LZ解决了问题,求回复

我先从PUBMED数据库中查找的它的活性位点,在对接的时候,DS模块里面有receptor binding site 可以初步定义结合位点。然后执行结合命令。我是这么做的,还没跑啊动力学不知道结果如何
学好专业知识
7楼2012-04-28 21:03:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jwwang_lq

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, thank you 2012-04-29 14:14:50
3D-dock应该比较适合你的情况。
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/docking/
老实人
8楼2012-04-29 13:20:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuguangyun

新虫 (小有名气)

Please note that these programs are no longer supported and no development has taken place for over 10-years. The development team are no longer with us. Therefore the email addresses will not work. You may still download various program components but we can offer no support. These pages are only here for historical reasons.
学好专业知识
9楼2012-04-30 08:47:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

renjinhong

金虫 (小有名气)


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-06-14 20:53:23
可以试试haddock,做大分子对接的
10楼2012-06-14 20:36:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yuguangyun 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 3/150 2026-09-06 13:09 by eObJPa4gWmp6
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 3/150 2026-09-06 13:09 by eObJPa4gWmp6
[考博] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 4/200 2026-09-06 12:49 by eObJPa4gWmp6
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 3/150 2026-09-06 12:49 by eObJPa4gWmp6
[考博] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 4/200 2026-09-06 12:29 by eObJPa4gWmp6
[找工作] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 7/350 2026-09-06 11:40 by eObJPa4gWmp6
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 7/350 2026-09-06 11:20 by eObJPa4gWmp6
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题,而不是去凝练问题 +10 瞬息宇宙 2026-09-01 19/950 2026-09-06 11:15 by jiangxuan2004
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 8/400 2026-09-06 11:09 by eObJPa4gWmp6
[论文投稿] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-04 8/400 2026-09-06 11:00 by eObJPa4gWmp6
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8 CRJ0Aq2FtVH0 2026-09-03 15/750 2026-09-06 05:48 by E1iiBLMU2XnD
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 5/250 2026-09-06 02:39 by E1iiBLMU2XnD
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 5/250 2026-09-06 02:19 by E1iiBLMU2XnD
[基金申请] 面上没中,邀请各位路过的虫友分析一下分数 +12 jackleilei 2026-09-03 13/650 2026-09-05 18:10 by fireguard
[文学芳草园] 两块石头 +6 阿美_Lml888 2026-09-03 8/400 2026-09-05 13:52 by 阿美_Lml888
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +6 瞬息宇宙 2026-08-31 9/450 2026-09-05 13:11 by haizai99
[博后之家] 广西大学-广州大学招聘博士后 欢迎广大优秀人才!!! +4 SCSIOyxguo 2026-09-03 7/350 2026-09-05 10:39 by Honglianlian
[硕博家园] Ei源刊怎么投 +4 Fengshun9711 2026-09-04 4/200 2026-09-04 19:30 by 研途知予
[硕博家园] 哈尔滨工业大学韩晓军教授课题组招收2027年硕士推免生及博士研究生 +3 灯灯灯灯DDDD 2026-09-03 3/150 2026-09-03 21:22 by 科研皮皮猪
[基金申请] 要骂人了,新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西,结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
信息提示
请填处理意见