24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3012  |  回复: 11

yuguangyun

新虫 (小有名气)

[求助] 蛋白质-蛋白质对接

各位大侠好,小弟现在做蛋白和受体对接。受体是toll5受体,蛋白质是一植物凝集素。我在对接前先要找出toll5受体的结合位点,请问如何寻找,用ds里面的define binding site 可靠吗,你们是如何做蛋白蛋白对接的。说说操作过程吧》急需啊…………
回复此楼
学好专业知识
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuguangyun

新虫 (小有名气)

自己顶一下
学好专业知识
2楼2012-04-25 19:15:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-26 10:03:50
蛋白蛋白对接应该用zdock,建议你从网上直接找相关的教程照着做
3楼2012-04-26 08:07:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuguangyun

新虫 (小有名气)

谢谢,我是按照ds教程做的。但是教程的作法里面,对节前没有涉及到活性位点的事情,而且我拿对接后的其中一个POSE跑了动力学,跑到第一步就出错了……不知道什么原因
学好专业知识
4楼2012-04-26 13:37:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

苹果变菠萝

金虫 (小有名气)

我的ZDOCK结果跑动力学效果也不好。。。LZ解决了问题,求回复
5楼2012-04-28 11:42:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fmtzhangli

金虫 (小有名气)


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-28 13:05:57
ZDOCK是 initial-stage protein-docking algorithm
得到的结果不够准确,可用rosettadock验证一下
6楼2012-04-28 12:59:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuguangyun

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 苹果变菠萝 at 2012-04-28 11:42:29:
我的ZDOCK结果跑动力学效果也不好。。。LZ解决了问题,求回复

我先从PUBMED数据库中查找的它的活性位点,在对接的时候,DS模块里面有receptor binding site 可以初步定义结合位点。然后执行结合命令。我是这么做的,还没跑啊动力学不知道结果如何
学好专业知识
7楼2012-04-28 21:03:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jwwang_lq

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, thank you 2012-04-29 14:14:50
3D-dock应该比较适合你的情况。
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/docking/
老实人
8楼2012-04-29 13:20:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuguangyun

新虫 (小有名气)

Please note that these programs are no longer supported and no development has taken place for over 10-years. The development team are no longer with us. Therefore the email addresses will not work. You may still download various program components but we can offer no support. These pages are only here for historical reasons.
学好专业知识
9楼2012-04-30 08:47:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

renjinhong

金虫 (小有名气)


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-06-14 20:53:23
可以试试haddock,做大分子对接的
10楼2012-06-14 20:36:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yuguangyun 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703总分331求调剂 +12 ZY-05 2026-04-04 16/800 2026-04-06 17:54 by lijunpoly
[考研] 307求调剂 +7 超级伊昂大王 2026-04-06 7/350 2026-04-06 17:12 by lijunpoly
[考研] 考研生物与医药调剂 +8 铁憨憨123425 2026-03-31 9/450 2026-04-06 12:52 by lys0704
[考研] 085410人工智能 初试316分 求调剂 +7 残星拂曙 2026-03-31 7/350 2026-04-06 10:09 by 蓝云思雨
[考研] 材料调剂 +14 壹贰贰亿 2026-04-04 14/700 2026-04-05 23:31 by 来看流星雨10
[考研] 08专硕275调剂 +5 AaAa7420 2026-04-05 5/250 2026-04-05 18:01 by jkddd
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 5/250 2026-04-05 15:52 by jndximd
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-04 12/600 2026-04-05 08:24 by 544594351
[考研] 294求调剂 +6 Grey_Ey 2026-04-02 9/450 2026-04-04 22:07 by hemengdong
[考研] 278求调剂 +6 Yy7400 2026-04-03 6/300 2026-04-04 09:53 by zhangdingwa
[考研] 化工调剂303分,过四级 +28 栖梧待风 2026-04-02 28/1400 2026-04-03 21:40 by qlm5820
[考研] 抱歉 +5 田洪有 2026-03-30 5/250 2026-04-03 10:24 by linyelide
[考研] 326求调剂 +10 崽崽仔 2026-04-02 10/500 2026-04-03 09:08 by 帕尔马拉特
[考研] 一志愿346上海大学生物学 +3 上海大学346调剂 2026-04-01 3/150 2026-04-02 08:36 by w虫虫123
[考研] 08生物与医药专硕初试346找调剂 +6 dianeeee 2026-04-01 7/350 2026-04-02 08:23 by guoweigw
[考研] 一志愿安徽大学计算机科学与技术学硕,331分求调剂 +5 蒋昌鹏qtj 2026-04-01 5/250 2026-04-02 08:10 by fxue1114
[考研] 生物学327,求调剂 +5 书上的梅子 2026-04-01 6/300 2026-04-02 06:47 by ilovexiaobin
[考研] 350求调剂 +7 阿佳~ 2026-03-31 7/350 2026-04-01 16:12 by yanflower7133
[考研] 材料调剂 +10 Eujd1 2026-03-31 11/550 2026-04-01 11:23 by ivanqyq
[考研] 339求调剂 +5 zjjkt 2026-03-31 5/250 2026-04-01 09:18 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见