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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 蛋白质-蛋白质对接
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yuguangyun

新虫 (小有名气)

[求助] 蛋白质-蛋白质对接

各位大侠好，小弟现在做蛋白和受体对接。受体是toll5受体，蛋白质是一植物凝集素。我在对接前先要找出toll5受体的结合位点，请问如何寻找，用ds里面的define binding site 可靠吗，你们是如何做蛋白蛋白对接的。说说操作过程吧》急需啊…………
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学好专业知识
1楼 2012-04-25 14:00:24
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yuguangyun

新虫 (小有名气)
自己顶一下
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学好专业知识
2楼2012-04-25 19:15:32
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-26 10:03:50
蛋白蛋白对接应该用zdock，建议你从网上直接找相关的教程照着做
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3楼2012-04-26 08:07:55
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yuguangyun

新虫 (小有名气)
谢谢，我是按照ds教程做的。但是教程的作法里面，对节前没有涉及到活性位点的事情，而且我拿对接后的其中一个ＰＯＳＥ跑了动力学，跑到第一步就出错了……不知道什么原因
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学好专业知识
4楼2012-04-26 13:37:40
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苹果变菠萝

金虫 (小有名气)
我的ZDOCK结果跑动力学效果也不好。。。LZ解决了问题，求回复
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5楼2012-04-28 11:42:29
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-28 13:05:57
ZDOCK是 initial-stage protein-docking algorithm
得到的结果不够准确，可用rosettadock验证一下
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6楼2012-04-28 12:59:27
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yuguangyun

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 苹果变菠萝 at 2012-04-28 11:42:29:
我的ZDOCK结果跑动力学效果也不好。。。LZ解决了问题，求回复

我先从ＰＵＢＭＥＤ数据库中查找的它的活性位点，在对接的时候，ＤＳ模块里面有ｒｅｃｅｐｔｏｒ　ｂｉｎｄｉｎｇ　ｓｉｔｅ　可以初步定义结合位点。然后执行结合命令。我是这么做的，还没跑啊动力学不知道结果如何
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学好专业知识
7楼2012-04-28 21:03:25
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jwwang_lq

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, thank you 2012-04-29 14:14:50
3D-dock应该比较适合你的情况。
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/docking/
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老实人
8楼2012-04-29 13:20:43
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yuguangyun

新虫 (小有名气)
Please note that these programs are no longer supported and no development has taken place for over 10-years. The development team are no longer with us. Therefore the email addresses will not work. You may still download various program components but we can offer no support. These pages are only here for historical reasons.
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学好专业知识
9楼2012-04-30 08:47:51
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renjinhong

金虫 (小有名气)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-06-14 20:53:23
可以试试haddock，做大分子对接的
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10楼2012-06-14 20:36:26
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