24小时热门版块排行榜    

查看: 2975  |  回复: 3

sunmuer

木虫 (小有名气)

[求助] DS 做分子对接

用DS做蛋白质和抑制剂的对接 抑制剂一般都是小分子 在做对接前需要对这两种物质怎么处理呢
用不用能量优化一下呢
在网上下载的pdb格式的蛋白质一般都是复合物 怎么才能把其中的小分子除掉呢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

出清水而不染
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-24 16:25:43
sunmuer(金币+2): 2012-02-25 19:31:48


用DS,直接在图中“复制、粘贴”的地方,
剪切、删除小分子->存盘,得蛋白质
剪切、删除蛋白质->存盘,得小分子
2楼2012-02-24 16:05:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
sunmuer(金币+1): 2012-02-25 19:31:55
也可以把PDB 文件导入VMD

mol load pdb XX.pdb
set sel [atomselect top "XXXXX"]   
$sel writepdb newXX.pdb

XX 是你所下载的pdb的文件名
XXXXX 是你所需要保持的蛋白质部分
3楼2012-02-24 16:29:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hyb181117

捐助贵宾 (小有名气)

jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-24 20:47:26
用pyMOL打开PDB文件后,选中小分子,然后extract objiect,将剩余的pdb文件重新保存就可以了
4楼2012-02-24 19:24:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sunmuer 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 290求调剂 +5 孔志浩 2026-03-12 10/500 2026-03-16 09:01 by 余晖&
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy! 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 290求调剂 +4 @将就将就看 2026-03-10 8/400 2026-03-14 14:23 by 千千运气
[考研] 211本,11408一志愿中科院277分,曾在中科院自动化所实习 +3 Losir 2026-03-12 3/150 2026-03-14 12:11 by 热情沙漠
[考研] 331求调剂(0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 295复试调剂 +5 简木ChuFront 2026-03-09 5/250 2026-03-14 01:29 by JourneyLucky
[考研] 328,0703考生求调剂,一志愿为东北师范大学 +4 观素律 2026-03-09 5/250 2026-03-14 01:24 by JourneyLucky
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:47 by JourneyLucky
[考研] 一志愿湖师大化学289求调剂 +6 XMCMM3.14159 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:28 by JourneyLucky
[考研] 2026考研调剂+本科延边大学+山东大学+生物化学与分子生物学+有项目经验 +3 ccdsscjy 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:12 by JourneyLucky
[考研] 279求调剂 +3 抓着星星的女孩 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:47 by userper
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:27 by JourneyLucky
[考研] 301求调剂 +6 Liyouyumairs 2026-03-11 6/300 2026-03-13 20:11 by JourneyLucky
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 268求调剂 +4 好运连绵不绝 2026-03-12 4/200 2026-03-13 10:45 by hyswxzs
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
信息提示
请填处理意见