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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)

[交流] 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做

最近对分子对接比较感兴趣，想玩下我用的是AD，结果按说明做时，配体老是出问题，望高人们指点迷津！谢谢啦！
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1楼 2011-06-02 08:43:17
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
NO.24Kobe(金币+1): 2011-06-03 08:27:27
你说的AD是Autodock？还有这缩写，我玩了不短时间的Autodock，还真不知道，孤陋寡闻了。
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2楼2011-06-02 18:46:45
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zmywahrheit

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-03 22:10:10
打开配体,选则Torsion,保存
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3楼2011-06-02 21:30:30
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-03 22:10:16
问题问的不太明确，别人怎么回答你呢？呵呵~
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4楼2011-06-02 22:11:02
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
★
御剑江湖(金币+1): 鼓励 2011-06-03 22:10:31
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2011-06-02 18:46:45:
你说的AD是Autodock？还有这缩写，我玩了不短时间的Autodock，还真不知道，孤陋寡闻了。

hehe~~~其实我不懂得，以为这么写可以的。我想问下您，我按AD3.05的中文说明做的，就pubchem，考出SDF中3D display中的代码复制到prodrug得到了配体的PDB格式，但我在导入AD时老是有错误 要我加电荷之类的，我用chendraw看三维结构时发现双键都只是单键，例如苯环就是六个碳，羰基碳跟氧之间只有一个键
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5楼2011-06-03 09:15:31
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zmywahrheit at 2011-06-02 21:30:30:
打开配体,选则Torsion,保存

不是很明白，麻烦说的详细点吧！谢谢！
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6楼2011-06-03 09:17:57
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-02 22:11:02:
问题问的不太明确，别人怎么回答你呢？呵呵~

呵呵~~~争取改进吧！
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7楼2011-06-03 09:18:26
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-03 22:10:41
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-21 08:21:59
引用回帖:
Originally posted by NO.24Kobe at 2011-06-03 09:18:26:
呵呵~~~争取改进吧！

配体用chem3D弄成MOL2格式，配体是不应该用pdb格式的！
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8楼2011-06-03 13:12:36
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-03 13:12:36:
配体用chem3D弄成MOL2格式，配体是不应该用pdb格式的！

我现在对pdb格式有点了解了，但是AD3.05说明书里是说要生成pdb的，我先按您的建议转换下，试试吧！
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9楼2011-06-03 15:53:21
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北斗星星

至尊木虫 (知名作家)
★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-21 08:22:08
配体是mol2格式
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10楼2011-06-20 21:46:47
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飞车托比

金虫 (正式写手)
★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-21 08:23:05
有教程的哇。可以按照那个来试试呢
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11楼2011-06-21 00:38:12
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 飞车托比 at 2011-06-21 00:38:12:
有教程的哇。可以按照那个来试试呢

教程在哪啊???麻烦传一下吧！
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12楼2011-06-21 08:22:56
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
乱糟糟！
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13楼2011-06-21 18:57:31
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飞车托比

金虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-06-22 14:15:58
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-23 08:15:44
不是有个AutoDockTools： A Tutorial那个上面写的例子吗？你可能下了，照到例子做一遍哦。配体好像很多格式都可以吧，感觉mol2的比较通用。
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14楼2011-06-21 19:32:58
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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15楼2011-09-05 19:13:31
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