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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)


[交流] 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做

最近对分子对接比较感兴趣,想玩下我用的是AD,结果按说明做时,配体老是出问题,望高人们指点迷津!谢谢啦!
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)



NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
NO.24Kobe(金币+1): 2011-06-03 08:27:27
你说的AD是Autodock?还有这缩写,我玩了不短时间的Autodock,还真不知道,孤陋寡闻了。
2楼2011-06-02 18:46:45
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zmywahrheit

金虫 (初入文坛)


★ ★ ★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-03 22:10:10
打开配体,选则Torsion,保存
3楼2011-06-02 21:30:30
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★ ★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-03 22:10:16
问题问的不太明确,别人怎么回答你呢?呵呵~
4楼2011-06-02 22:11:02
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)



御剑江湖(金币+1): 鼓励 2011-06-03 22:10:31
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2011-06-02 18:46:45:
你说的AD是Autodock?还有这缩写,我玩了不短时间的Autodock,还真不知道,孤陋寡闻了。

hehe~~~其实我不懂得,以为这么写可以的。我想问下您,我按AD3.05的中文说明做的,就pubchem,考出SDF中3D display中的代码复制到prodrug得到了配体的PDB格式,但我在导入AD时老是有错误 要我加电荷之类的,我用chendraw看三维结构时发现双键都只是单键,例如苯环就是六个碳,羰基碳跟氧之间只有一个键
5楼2011-06-03 09:15:31
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by zmywahrheit at 2011-06-02 21:30:30:
打开配体,选则Torsion,保存

不是很明白,麻烦说的详细点吧!谢谢!
6楼2011-06-03 09:17:57
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-02 22:11:02:
问题问的不太明确,别人怎么回答你呢?呵呵~

呵呵~~~争取改进吧!
7楼2011-06-03 09:18:26
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★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-03 22:10:41
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-21 08:21:59
引用回帖:
Originally posted by NO.24Kobe at 2011-06-03 09:18:26:
呵呵~~~争取改进吧!

配体用chem3D弄成MOL2格式,配体是不应该用pdb格式的!
8楼2011-06-03 13:12:36
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-03 13:12:36:
配体用chem3D弄成MOL2格式,配体是不应该用pdb格式的!

我现在对pdb格式有点了解了,但是AD3.05说明书里是说要生成pdb的,我先按您的建议转换下,试试吧!
9楼2011-06-03 15:53:21
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NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-21 08:22:08
配体是mol2格式
10楼2011-06-20 21:46:47
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飞车托比

金虫 (正式写手)



NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-21 08:23:05
有教程的哇。可以按照那个来试试呢
11楼2011-06-21 00:38:12
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by 飞车托比 at 2011-06-21 00:38:12:
有教程的哇。可以按照那个来试试呢

教程在哪啊???麻烦传一下吧!
12楼2011-06-21 08:22:56
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)



NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
乱糟糟!
13楼2011-06-21 18:57:31
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飞车托比

金虫 (正式写手)


★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-06-22 14:15:58
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-23 08:15:44
不是有个AutoDockTools: A Tutorial那个上面写的例子吗?你可能下了,照到例子做一遍哦。配体好像很多格式都可以吧,感觉mol2的比较通用。
14楼2011-06-21 19:32:58
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chemozhang

木虫 (正式写手)


帖子真精彩!
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15楼2011-09-05 19:13:31
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