应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做
151/1返回列表
查看: 3829  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

NO.24Kobe

金虫 (小有名气)

[交流] 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做

最近对分子对接比较感兴趣，想玩下我用的是AD，结果按说明做时，配体老是出问题，望高人们指点迷津！谢谢啦！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-06-02 08:43:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
NO.24Kobe(金币+1): 2011-06-03 08:27:27
你说的AD是Autodock？还有这缩写，我玩了不短时间的Autodock，还真不知道，孤陋寡闻了。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-06-02 18:46:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmywahrheit

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-03 22:10:10
打开配体,选则Torsion,保存
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-06-02 21:30:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-03 22:10:16
问题问的不太明确，别人怎么回答你呢？呵呵~
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-06-02 22:11:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
★
御剑江湖(金币+1): 鼓励 2011-06-03 22:10:31
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2011-06-02 18:46:45:
你说的AD是Autodock？还有这缩写，我玩了不短时间的Autodock，还真不知道，孤陋寡闻了。

hehe~~~其实我不懂得，以为这么写可以的。我想问下您，我按AD3.05的中文说明做的，就pubchem，考出SDF中3D display中的代码复制到prodrug得到了配体的PDB格式，但我在导入AD时老是有错误 要我加电荷之类的，我用chendraw看三维结构时发现双键都只是单键，例如苯环就是六个碳，羰基碳跟氧之间只有一个键
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-06-03 09:15:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zmywahrheit at 2011-06-02 21:30:30:
打开配体,选则Torsion,保存

不是很明白，麻烦说的详细点吧！谢谢！
赞一下 回复此楼
6楼2011-06-03 09:17:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-02 22:11:02:
问题问的不太明确，别人怎么回答你呢？呵呵~

呵呵~~~争取改进吧！
赞一下 回复此楼
7楼2011-06-03 09:18:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-03 22:10:41
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-21 08:21:59
引用回帖:
Originally posted by NO.24Kobe at 2011-06-03 09:18:26:
呵呵~~~争取改进吧！

配体用chem3D弄成MOL2格式，配体是不应该用pdb格式的！
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2011-06-03 13:12:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-03 13:12:36:
配体用chem3D弄成MOL2格式，配体是不应该用pdb格式的！

我现在对pdb格式有点了解了，但是AD3.05说明书里是说要生成pdb的，我先按您的建议转换下，试试吧！
赞一下 回复此楼
9楼2011-06-03 15:53:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

北斗星星

至尊木虫 (知名作家)
★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-21 08:22:08
配体是mol2格式
回复此楼
10楼2011-06-20 21:46:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飞车托比

金虫 (正式写手)
★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-21 08:23:05
有教程的哇。可以按照那个来试试呢
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2011-06-21 00:38:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 飞车托比 at 2011-06-21 00:38:12:
有教程的哇。可以按照那个来试试呢

教程在哪啊???麻烦传一下吧！
赞一下 回复此楼
12楼2011-06-21 08:22:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
乱糟糟！
回复此楼
13楼2011-06-21 18:57:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飞车托比

金虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-06-22 14:15:58
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-23 08:15:44
不是有个AutoDockTools： A Tutorial那个上面写的例子吗？你可能下了，照到例子做一遍哦。配体好像很多格式都可以吧，感觉mol2的比较通用。
赞一下(1人) 回复此楼
14楼2011-06-21 19:32:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
赞一下 回复此楼
15楼2011-09-05 19:13:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 NO.24Kobe 的主题更新
151/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 岩土工程学报什么时候才能终审完呐 25+3 yeager111 2026-08-10 4/200 2026-08-16 20:42 by tfang
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +9 Ldrop2023 2026-08-13 9/450 2026-08-16 13:24 by wukun_007
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +11 家与远方 2026-08-10 16/800 2026-08-16 10:28 by ray43
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +6 wangze12014 2026-08-14 7/350 2026-08-15 20:12 by gltch
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭