应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做
151/1返回列表
查看: 3477  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

NO.24Kobe

金虫 (小有名气)

[交流] 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做

最近对分子对接比较感兴趣，想玩下我用的是AD，结果按说明做时，配体老是出问题，望高人们指点迷津！谢谢啦！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-06-02 08:43:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
NO.24Kobe(金币+1): 2011-06-03 08:27:27
你说的AD是Autodock？还有这缩写，我玩了不短时间的Autodock，还真不知道，孤陋寡闻了。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-06-02 18:46:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmywahrheit

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-03 22:10:10
打开配体,选则Torsion,保存
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-06-02 21:30:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-03 22:10:16
问题问的不太明确，别人怎么回答你呢？呵呵~
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-06-02 22:11:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
★
御剑江湖(金币+1): 鼓励 2011-06-03 22:10:31
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2011-06-02 18:46:45:
你说的AD是Autodock？还有这缩写，我玩了不短时间的Autodock，还真不知道，孤陋寡闻了。

hehe~~~其实我不懂得，以为这么写可以的。我想问下您，我按AD3.05的中文说明做的，就pubchem，考出SDF中3D display中的代码复制到prodrug得到了配体的PDB格式，但我在导入AD时老是有错误 要我加电荷之类的，我用chendraw看三维结构时发现双键都只是单键，例如苯环就是六个碳，羰基碳跟氧之间只有一个键
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-06-03 09:15:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zmywahrheit at 2011-06-02 21:30:30:
打开配体,选则Torsion,保存

不是很明白，麻烦说的详细点吧！谢谢！
赞一下 回复此楼
6楼2011-06-03 09:17:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-02 22:11:02:
问题问的不太明确，别人怎么回答你呢？呵呵~

呵呵~~~争取改进吧！
赞一下 回复此楼
7楼2011-06-03 09:18:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-03 22:10:41
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-21 08:21:59
引用回帖:
Originally posted by NO.24Kobe at 2011-06-03 09:18:26:
呵呵~~~争取改进吧！

配体用chem3D弄成MOL2格式，配体是不应该用pdb格式的！
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2011-06-03 13:12:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-03 13:12:36:
配体用chem3D弄成MOL2格式，配体是不应该用pdb格式的！

我现在对pdb格式有点了解了，但是AD3.05说明书里是说要生成pdb的，我先按您的建议转换下，试试吧！
赞一下 回复此楼
9楼2011-06-03 15:53:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

北斗星星

至尊木虫 (知名作家)
★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-21 08:22:08
配体是mol2格式
回复此楼
10楼2011-06-20 21:46:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飞车托比

金虫 (正式写手)
★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-21 08:23:05
有教程的哇。可以按照那个来试试呢
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2011-06-21 00:38:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 飞车托比 at 2011-06-21 00:38:12:
有教程的哇。可以按照那个来试试呢

教程在哪啊???麻烦传一下吧！
赞一下 回复此楼
12楼2011-06-21 08:22:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
乱糟糟！
回复此楼
13楼2011-06-21 18:57:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飞车托比

金虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-06-22 14:15:58
NO.24Kobe(金币+3): 2011-06-23 08:15:44
不是有个AutoDockTools： A Tutorial那个上面写的例子吗？你可能下了，照到例子做一遍哦。配体好像很多格式都可以吧，感觉mol2的比较通用。
赞一下(1人) 回复此楼
14楼2011-06-21 19:32:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
赞一下 回复此楼
15楼2011-09-05 19:13:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 NO.24Kobe 的主题更新
151/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 301求调剂 +3 A_JiXing 2026-03-16 3/150 2026-03-17 08:21 by 无际的草原
[考研] 286求调剂 +3 lemonzzn 2026-03-16 5/250 2026-03-16 20:43 by lemonzzn
[考研] 326求调剂 +4 诺贝尔化学奖觊� 2026-03-15 7/350 2026-03-16 17:11 by 诺贝尔化学奖觊�
[考研] 318求调剂 +3 Yanyali 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:41 by houyaoxu
[考研] 311求调剂 +5 26研0 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:21 by a不易
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +6 zlingli 2026-03-13 6/300 2026-03-15 20:00 by ryzcf
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 材料与化工 323 英一+数二+物化，一志愿：哈工大 本人本科双一流 +4 自由的_飞翔 2026-03-13 5/250 2026-03-14 19:39 by hmn_wj
[考研] 0805，333求调剂 +3 112253525 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:42 by JourneyLucky
[考研] 285 求调剂 资源与环境 一志愿北京化工大学 +3 未名考生 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:04 by JourneyLucky
[考研] 332求调剂 +3 zjy101327 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:48 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 Mochaaaa 2026-03-12 7/350 2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] 336求调剂 +6 Iuruoh 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:06 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
[考研] 268求调剂 +4 好运连绵不绝 2026-03-12 4/200 2026-03-13 10:45 by hyswxzs
[考研] 求调剂 资源与环境 285 +3 未名考生 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:31 by houyaoxu
[考研] 270求调剂 085600材料与化工专硕 +3 YXCT 2026-03-11 3/150 2026-03-13 10:13 by houyaoxu
[考博] 26申博求助 +3 跳跃饼干 2026-03-10 4/200 2026-03-10 21:15 by Tntcnn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭