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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)


[交流] 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做

最近对分子对接比较感兴趣,想玩下我用的是AD,结果按说明做时,配体老是出问题,望高人们指点迷津!谢谢啦!
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御剑江湖(金币+1): 鼓励 2011-06-03 22:10:31
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2011-06-02 18:46:45:
你说的AD是Autodock?还有这缩写,我玩了不短时间的Autodock,还真不知道,孤陋寡闻了。

hehe~~~其实我不懂得,以为这么写可以的。我想问下您,我按AD3.05的中文说明做的,就pubchem,考出SDF中3D display中的代码复制到prodrug得到了配体的PDB格式,但我在导入AD时老是有错误 要我加电荷之类的,我用chendraw看三维结构时发现双键都只是单键,例如苯环就是六个碳,羰基碳跟氧之间只有一个键
5楼2011-06-03 09:15:31
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引用回帖:
Originally posted by zmywahrheit at 2011-06-02 21:30:30:
打开配体,选则Torsion,保存

不是很明白,麻烦说的详细点吧!谢谢!
6楼2011-06-03 09:17:57
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引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-02 22:11:02:
问题问的不太明确,别人怎么回答你呢?呵呵~

呵呵~~~争取改进吧!
7楼2011-06-03 09:18:26
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引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-03 13:12:36:
配体用chem3D弄成MOL2格式,配体是不应该用pdb格式的!

我现在对pdb格式有点了解了,但是AD3.05说明书里是说要生成pdb的,我先按您的建议转换下,试试吧!
9楼2011-06-03 15:53:21
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引用回帖:
Originally posted by 飞车托比 at 2011-06-21 00:38:12:
有教程的哇。可以按照那个来试试呢

教程在哪啊???麻烦传一下吧!
12楼2011-06-21 08:22:56
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