24小时热门版块排行榜    

查看: 1686  |  回复: 3

zhihongxu

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Autodock的配体处理求助? 已有3人参与

本人初学Autodock,我对接的酶已经在http://www.rcsb.org/pdb/被报道,受体抑制剂与受体的复合物的晶体结构也有。我自己合成的化合物与配体类似,只需要进行部分修改即可。希望自己用chembiooffice2008画出ligand,并保存为PDB格式。但是发现从Pymol保存得到的配体一旦经过在chembio3D里修改后其坐标马上就变了,无法进行对接。急求高手的指导。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

★ ★
zhihongxu(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-21 15:01
zhihongxu(金币+2): 2010-04-22 16:40
3D绝对坐标变了有什么关系……对接的时候会往定义的结合位点上计算的
结构不是变成错的就没关系
2楼2010-04-21 13:47:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainbow001

木虫 (小有名气)

★ ★
zhihongxu(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-21 15:01
zhihongxu(金币+2): 2010-04-22 16:40
你找找其他软件试试,比如sybyl
加油加油
3楼2010-04-21 14:49:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wjlouc

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
zhihongxu(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-22 17:04
zhihongxu(金币+5): 2010-04-23 16:15
我试过用GaussView画分子结构,然后存为mol2格式,autodocktools可以读取mol2文件。  
GaussView 画3D结构很好用!
君子生非异也,善假于物也!
4楼2010-04-22 16:50:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhihongxu 的主题更新
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 二审4个多月了还是Awaiting Reviewer Scores 10+4 纳斯达克ML 2026-10-11 5/250 2026-10-16 10:03 by shjy2599
[基金申请] 申请科研项目纯靠实力能成功吗? 200+8 David1982 2026-10-13 12/600 2026-10-16 09:50 by shjy2599
[职场人生] 40+中年人失业后,还能找到好工作吗? +11 xqy2009 2026-10-13 13/650 2026-10-15 21:32 by bear2007
[有机交流] 用NBS溴化时溶剂除了CCl4外还有什么 +3 18834002860 2026-10-12 6/300 2026-10-15 14:30 by 长沙摩尔信息科�
[硕博家园] 极限拉扯,如何抉择 +11 Isak0320 2026-10-12 15/750 2026-10-14 21:55 by 猫鱼不是鱼
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了,离AI做有机合成还有多远? +8 wangyl_123 2026-10-10 13/650 2026-10-14 15:12 by zuesli
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么? +4 好运来~9527 2026-10-10 7/350 2026-10-13 08:41 by xli1984
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷!
信息提示
请填处理意见