应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】Autodock的配体处理求助？
41/1返回列表
查看: 1431  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zhihongxu

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Autodock的配体处理求助？ 已有3人参与

本人初学Autodock，我对接的酶已经在http://www.rcsb.org/pdb/被报道，受体抑制剂与受体的复合物的晶体结构也有。我自己合成的化合物与配体类似，只需要进行部分修改即可。希望自己用chembiooffice2008画出ligand，并保存为PDB格式。但是发现从Pymol保存得到的配体一旦经过在chembio3D里修改后其坐标马上就变了，无法进行对接。急求高手的指导。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-04-21 11:34:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
zhihongxu(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-21 15:01
zhihongxu(金币+2): 2010-04-22 16:40
3D绝对坐标变了有什么关系……对接的时候会往定义的结合位点上计算的
结构不是变成错的就没关系
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-04-21 13:47:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainbow001

木虫 (小有名气)
★ ★
zhihongxu(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-21 15:01
zhihongxu(金币+2): 2010-04-22 16:40
你找找其他软件试试，比如sybyl
赞一下(2人) 回复此楼
加油加油
3楼2010-04-21 14:49:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wjlouc

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zhihongxu(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-22 17:04
zhihongxu(金币+5): 2010-04-23 16:15
我试过用GaussView画分子结构，然后存为mol2格式，autodocktools可以读取mol2文件。  
GaussView 画3D结构很好用!
赞一下(2人) 回复此楼
君子生非异也，善假于物也！
4楼2010-04-22 16:50:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhihongxu 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +6 一鸭鸭哟 2026-03-14 7/350 2026-03-15 22:12 by Winj1e
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +5 薛云鹏 2026-03-15 5/250 2026-03-15 20:38 by Logic2024
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油！? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 304求调剂 +5 小熊joy 2026-03-14 5/250 2026-03-14 21:07 by peike
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +7 邱gl 2026-03-10 11/550 2026-03-14 12:18 by 邱gl
[考研] 301求调剂 +3 归零lbm 2026-03-09 3/150 2026-03-14 02:20 by JourneyLucky
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工296分求调剂 +16 稻妻小编 2026-03-09 18/900 2026-03-14 02:00 by JourneyLucky
[考研] 0703求调剂 +7 jtyq001 2026-03-10 7/350 2026-03-14 01:06 by JourneyLucky
[考研] 0703，333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 土木第一志愿276求调剂，科研和技能十分丰富，求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[考研] 328化工专硕求调剂 +4 。，。，。，。i 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[考研] 0856化学工程280分求调剂 +4 shenzxsn 2026-03-11 4/200 2026-03-13 11:55 by ymwdoctor
[考研] 296求调剂 +3 大口吃饭 身体健 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:31 by 学员8dgXkO
[基金申请] 提交后的基金本子，已让学校撤回了，可否换口子提交 +3 dut_pfx 2026-03-10 3/150 2026-03-11 08:38 by kudofaye
[考研] 0856材料与化工353分求调剂 +11 NIFFFfff 2026-03-09 11/550 2026-03-10 18:36 by suyuanhai
[考研] 求调剂材料专硕293 +6 段_(:з」∠)_ 2026-03-10 6/300 2026-03-10 18:22 by ms629
[考研] 085602化工求调剂 +7 董boxing 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:07 by BruceLiu320
[考研] 327分求调剂086 +4 西红柿?小帅 2026-03-09 7/350 2026-03-10 14:47 by ruiyingmiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭