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zhihongxu

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Autodock的配体处理求助? 已有3人参与

本人初学Autodock,我对接的酶已经在http://www.rcsb.org/pdb/被报道,受体抑制剂与受体的复合物的晶体结构也有。我自己合成的化合物与配体类似,只需要进行部分修改即可。希望自己用chembiooffice2008画出ligand,并保存为PDB格式。但是发现从Pymol保存得到的配体一旦经过在chembio3D里修改后其坐标马上就变了,无法进行对接。急求高手的指导。
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rainbow001

木虫 (小有名气)

★ ★
zhihongxu(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-21 15:01
zhihongxu(金币+2): 2010-04-22 16:40
你找找其他软件试试,比如sybyl
加油加油
3楼2010-04-21 14:49:12
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arthurii

木虫 (正式写手)

★ ★
zhihongxu(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-21 15:01
zhihongxu(金币+2): 2010-04-22 16:40
3D绝对坐标变了有什么关系……对接的时候会往定义的结合位点上计算的
结构不是变成错的就没关系
2楼2010-04-21 13:47:48
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wjlouc

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
zhihongxu(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-22 17:04
zhihongxu(金币+5): 2010-04-23 16:15
我试过用GaussView画分子结构,然后存为mol2格式,autodocktools可以读取mol2文件。  
GaussView 画3D结构很好用!
君子生非异也,善假于物也!
4楼2010-04-22 16:50:28
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