24小时热门版块排行榜    

查看: 1626  |  回复: 3

zhihongxu

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Autodock的配体处理求助? 已有3人参与

本人初学Autodock,我对接的酶已经在http://www.rcsb.org/pdb/被报道,受体抑制剂与受体的复合物的晶体结构也有。我自己合成的化合物与配体类似,只需要进行部分修改即可。希望自己用chembiooffice2008画出ligand,并保存为PDB格式。但是发现从Pymol保存得到的配体一旦经过在chembio3D里修改后其坐标马上就变了,无法进行对接。急求高手的指导。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

★ ★
zhihongxu(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-21 15:01
zhihongxu(金币+2): 2010-04-22 16:40
3D绝对坐标变了有什么关系……对接的时候会往定义的结合位点上计算的
结构不是变成错的就没关系
2楼2010-04-21 13:47:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainbow001

木虫 (小有名气)

★ ★
zhihongxu(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-21 15:01
zhihongxu(金币+2): 2010-04-22 16:40
你找找其他软件试试,比如sybyl
加油加油
3楼2010-04-21 14:49:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wjlouc

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
zhihongxu(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-22 17:04
zhihongxu(金币+5): 2010-04-23 16:15
我试过用GaussView画分子结构,然后存为mol2格式,autodocktools可以读取mol2文件。  
GaussView 画3D结构很好用!
君子生非异也,善假于物也!
4楼2010-04-22 16:50:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhihongxu 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +31 医学老男孩 2026-08-13 69/3450 2026-08-16 00:16 by mo_mo_mo_mo
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +9 majunge000 2026-08-11 11/550 2026-08-15 23:20 by botar
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +12 archvillain 2026-08-15 23/1150 2026-08-15 20:47 by foyo404
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +7 Ldrop2023 2026-08-13 7/350 2026-08-15 15:57 by mzhh2000
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 22/1100 2026-08-14 23:45 by Noways
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
信息提示
请填处理意见