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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用什么软件进行AUTODOCK前处理 已有5人参与

请问下,做AUTODOCK时,前处理大分子时,用了SYBYL 里的prepare protein structure,可是反而在AUTODOCK打开后,再做些工作,会出错,比如说CAN NOT FIND THE NUMBER OF LP。
但是若只在SYBYL里去水,加氢,就可以

有什么软件很适合做AUTODOCK前处理呢?
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thunderay

铁杆木虫 (小有名气)

★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-08-29 14:53:11
用pynol和moe处理蛋白吧
2楼2010-08-28 16:18:28
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+3):谢谢 2010-08-29 14:53:19
引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2010-08-27 16:14:09:
请问下,做AUTODOCK时,前处理大分子时,用了SYBYL 里的prepare protein structure,可是反而在AUTODOCK打开后,再做些工作,会出错,比如说CAN NOT FIND THE NUMBER OF LP。
但是若只在SYBYL里去水,加氢,就可 ...

1.单纯去水,加氢,Autodock tools/pymol
2.修补蛋白质, Swiss-pdbviewer
3.配体结构获得,prodrg,几何优化:orca, mopac, gamess
这些都是免费的
3楼2010-08-28 16:35:29
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-08-29 14:53:26
用chimera也可以,而且也是免费的。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
4楼2010-08-28 17:44:39
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nh13

木虫 (正式写手)

★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-30 09:02:01
处理小分子用Chem3D就行.
5楼2010-08-30 08:01:58
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
内容已删除
6楼2014-04-01 15:53:42
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