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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】用什么软件进行AUTODOCK前处理
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用什么软件进行AUTODOCK前处理 已有5人参与

请问下，做AUTODOCK时，前处理大分子时，用了SYBYL 里的prepare protein structure,可是反而在AUTODOCK打开后，再做些工作，会出错，比如说CAN NOT FIND THE NUMBER OF LP。
但是若只在SYBYL里去水，加氢，就可以

有什么软件很适合做AUTODOCK前处理呢？
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1楼 2010-08-27 16:14:09
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thunderay

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-08-29 14:53:11
用pynol和moe处理蛋白吧
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2楼2010-08-28 16:18:28
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-08-29 14:53:19
引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2010-08-27 16:14:09:
请问下，做AUTODOCK时，前处理大分子时，用了SYBYL 里的prepare protein structure,可是反而在AUTODOCK打开后，再做些工作，会出错，比如说CAN NOT FIND THE NUMBER OF LP。
但是若只在SYBYL里去水，加氢，就可 ...

1.单纯去水，加氢，Autodock tools/pymol
2.修补蛋白质， Swiss-pdbviewer
3.配体结构获得，prodrg,几何优化：orca, mopac, gamess
这些都是免费的
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3楼2010-08-28 16:35:29
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-08-29 14:53:26
用chimera也可以，而且也是免费的。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-08-28 17:44:39
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nh13

木虫 (正式写手)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-30 09:02:01
处理小分子用Chem3D就行.
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5楼2010-08-30 08:01:58
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
内容已删除
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6楼2014-04-01 15:53:42
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