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绿茶QJM

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[交流] 【求助】用什么软件进行AUTODOCK前处理已有5人参与

请问下，做AUTODOCK时，前处理大分子时，用了SYBYL 里的prepare protein structure,可是反而在AUTODOCK打开后，再做些工作，会出错，比如说CAN NOT FIND THE NUMBER OF LP。
但是若只在SYBYL里去水，加氢，就可以

有什么软件很适合做AUTODOCK前处理呢？

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1楼 2010-08-27 16:14:09

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thunderay

铁杆木虫 (小有名气)

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-08-29 14:53:11

用pynol和moe处理蛋白吧

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2楼2010-08-28 16:18:28

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zh1987hs

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-08-29 14:53:19

引用回帖:

Originally posted by 绿茶QJM at 2010-08-27 16:14:09:
请问下，做AUTODOCK时，前处理大分子时，用了SYBYL 里的prepare protein structure,可是反而在AUTODOCK打开后，再做些工作，会出错，比如说CAN NOT FIND THE NUMBER OF LP。
但是若只在SYBYL里去水，加氢，就可 ...

1.单纯去水，加氢，Autodock tools/pymol
2.修补蛋白质， Swiss-pdbviewer
3.配体结构获得，prodrg,几何优化：orca, mopac, gamess
这些都是免费的

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3楼2010-08-28 16:35:29

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