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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】Autodock的配体处理求助？
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zhihongxu

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Autodock的配体处理求助？ 已有3人参与

本人初学Autodock，我对接的酶已经在http://www.rcsb.org/pdb/被报道，受体抑制剂与受体的复合物的晶体结构也有。我自己合成的化合物与配体类似，只需要进行部分修改即可。希望自己用chembiooffice2008画出ligand，并保存为PDB格式。但是发现从Pymol保存得到的配体一旦经过在chembio3D里修改后其坐标马上就变了，无法进行对接。急求高手的指导。
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1楼 2010-04-21 11:34:42
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wjlouc

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zhihongxu(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-22 17:04
zhihongxu(金币+5): 2010-04-23 16:15
我试过用GaussView画分子结构，然后存为mol2格式，autodocktools可以读取mol2文件。  
GaussView 画3D结构很好用!
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君子生非异也，善假于物也！
4楼2010-04-22 16:50:28
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
zhihongxu(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-21 15:01
zhihongxu(金币+2): 2010-04-22 16:40
3D绝对坐标变了有什么关系……对接的时候会往定义的结合位点上计算的
结构不是变成错的就没关系
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-04-21 13:47:48
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rainbow001

木虫 (小有名气)
★ ★
zhihongxu(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-21 15:01
zhihongxu(金币+2): 2010-04-22 16:40
你找找其他软件试试，比如sybyl
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加油加油
3楼2010-04-21 14:49:12
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