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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)


[交流] 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做

最近对分子对接比较感兴趣,想玩下我用的是AD,结果按说明做时,配体老是出问题,望高人们指点迷津!谢谢啦!
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)



御剑江湖(金币+1): 鼓励 2011-06-03 22:10:31
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2011-06-02 18:46:45:
你说的AD是Autodock?还有这缩写,我玩了不短时间的Autodock,还真不知道,孤陋寡闻了。

hehe~~~其实我不懂得,以为这么写可以的。我想问下您,我按AD3.05的中文说明做的,就pubchem,考出SDF中3D display中的代码复制到prodrug得到了配体的PDB格式,但我在导入AD时老是有错误 要我加电荷之类的,我用chendraw看三维结构时发现双键都只是单键,例如苯环就是六个碳,羰基碳跟氧之间只有一个键
5楼2011-06-03 09:15:31
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)



NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
NO.24Kobe(金币+1): 2011-06-03 08:27:27
你说的AD是Autodock?还有这缩写,我玩了不短时间的Autodock,还真不知道,孤陋寡闻了。
2楼2011-06-02 18:46:45
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zmywahrheit

金虫 (初入文坛)


★ ★ ★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-03 22:10:10
打开配体,选则Torsion,保存
3楼2011-06-02 21:30:30
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★ ★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-03 22:10:16
问题问的不太明确,别人怎么回答你呢?呵呵~
4楼2011-06-02 22:11:02
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