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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)

[交流] 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做

最近对分子对接比较感兴趣，想玩下我用的是AD，结果按说明做时，配体老是出问题，望高人们指点迷津！谢谢啦！
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1楼 2011-06-02 08:43:17
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-03 22:10:16
问题问的不太明确，别人怎么回答你呢？呵呵~
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4楼2011-06-02 22:11:02
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
NO.24Kobe(金币+1): 2011-06-03 08:27:27
你说的AD是Autodock？还有这缩写，我玩了不短时间的Autodock，还真不知道，孤陋寡闻了。
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2楼2011-06-02 18:46:45
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zmywahrheit

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★
NO.24Kobe(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-03 22:10:10
打开配体,选则Torsion,保存
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-06-02 21:30:30
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
★
御剑江湖(金币+1): 鼓励 2011-06-03 22:10:31
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2011-06-02 18:46:45:
你说的AD是Autodock？还有这缩写，我玩了不短时间的Autodock，还真不知道，孤陋寡闻了。

hehe~~~其实我不懂得，以为这么写可以的。我想问下您，我按AD3.05的中文说明做的，就pubchem，考出SDF中3D display中的代码复制到prodrug得到了配体的PDB格式，但我在导入AD时老是有错误 要我加电荷之类的，我用chendraw看三维结构时发现双键都只是单键，例如苯环就是六个碳，羰基碳跟氧之间只有一个键
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5楼2011-06-03 09:15:31
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