应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】求助: DS中的小分子对接可以考虑金属离子的作用吗
91/1返回列表
查看: 3581  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zdm658

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】求助: DS中的小分子对接可以考虑金属离子的作用吗 已有2人参与

小妹刚刚接触DS，望各位大侠给予指点！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Discovery Studio 常见问题及使用教程 分子对接问题锦集 分子对接 精华帖转载

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-03-12 13:25:06
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
zdm658(金币+1):谢谢参与
zdm658(金币+2):多谢指点!请问能说得详细点吗?因为我的体系中的金属离子与配体形成配位作用,现在也想筛选能形成这种配位作用的分子,听说GOLD可以实现这个操作！不知道是什么原理？ 2010-03-13 23:14
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-14 12:57
金属离子做起来，不一定结果可靠。
赞一下(2人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
2楼2010-03-13 17:20:24
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hug_wind

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
zdm658(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-15 09:58
利用GOLD进行分子对接可以实现你的目的。
[1] 在准备蛋白文件时就要考虑金属离子，例如配位构型，打断与配位原子的键连
[2] 在分子对接时，还可以加入约束条件（例如距离约束等），使得对接结果中的配体小分子必须与金属配位
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-03-15 09:56:14
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hug_wind

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-15 11:02
zdm658(金币+1):太好了,谢谢分享 2010-03-15 15:26
再插一句，Chen, D.等人专门比较过包含金属离子的分子对接，AutoDock结果较好，但我没有用过AutoDock，楼主可以自己研究一下。

附参考文献：

Chen, D., Menche, G., Power, T.D., Sower, L., Peterson, J.W. and Schein, C.H. (2007) "Accounting for ligand-bound metal ions in docking small molecules on adenylyl cyclase toxins." Proteins, 2007. 67(3): 593-605.

作者比较了AutoDock 3.05., LigandFit/Cerius2 4.10 and FlexX (in SYBYL 7.0)
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-03-15 10:10:08
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cy2003

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
zdm658(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-30 11:14:15
我用cdocker做过配体是单个金属离子的……结果就是基本只考虑了静电力作用和范德华力这种非键作用，是不考虑配位键这种与电子有关的性质的。不过我这里的DS没有买QM
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-05-30 10:13:54
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hopetravel

铁杆木虫 (职业作家)

小人物
★
zdm658(金币+1):谢谢参与
能给我个ds基础使用教程吗?刚安装上还不晓得怎么用呢
邮箱459137006@qq.com

[ Last edited by hopetravel on 2010-6-19 at 21:20 ]
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-06-19 21:19:09
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
赞一下 回复此楼
故地如重游月圆更寂寞
7楼2011-09-05 20:21:41
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《Discovery Studio 常见问题及使用教程》
赞一下 回复此楼
故地如重游月圆更寂寞
8楼2011-09-05 20:21:44
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

@漂洋过海@
★
zdm658(金币+1): 谢谢参与
9楼2014-03-21 14:58:25
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zdm658 的主题更新
91/1返回列表
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂 +8 调剂的考研学生 2026-03-09 8/400 2026-03-15 22:14 by Winj1e
[考研] 东南大学364求调剂 +3 JasonYuiui 2026-03-15 3/150 2026-03-15 18:57 by 无际的草原
[考研] 311求调剂 +5 冬十三 2026-03-15 5/250 2026-03-15 18:38 by 无际的草原
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy！ 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +7 邱gl 2026-03-10 11/550 2026-03-14 12:18 by 邱gl
[考研] 一志愿浙江大学0856材料与化工求调剂 +4 yansheng@211 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:10 by JourneyLucky
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工296分求调剂 +16 稻妻小编 2026-03-09 18/900 2026-03-14 02:00 by JourneyLucky
[考研] 312求调剂 +6 陌宸希 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:40 by JourneyLucky
[考研] 招收0805（材料）调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:30 by JourneyLucky
[考研] 一志愿湖师大化学289求调剂 +6 XMCMM3.14159 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:28 by JourneyLucky
[考研] 0805，333求调剂 +3 112253525 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:42 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工求调剂一志愿 985 总分 295 +8 dream…… 2026-03-12 8/400 2026-03-13 22:17 by 星空星月
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
[考研] 土木第一志愿276求调剂，科研和技能十分丰富，求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[考研] 一志愿：武汉理工，材料工程，英二数二 总分314 +3 2202020125 2026-03-10 4/200 2026-03-10 13:54 by xiongyaxuan
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭