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zdm658

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】求助: DS中的小分子对接可以考虑金属离子的作用吗已有2人参与

小妹刚刚接触DS,望各位大侠给予指点!
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
zdm658(金币+1):谢谢参与
zdm658(金币+2):多谢指点!请问能说得详细点吗?因为我的体系中的金属离子与配体形成配位作用,现在也想筛选能形成这种配位作用的分子,听说GOLD可以实现这个操作!不知道是什么原理? 2010-03-13 23:14
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-14 12:57
金属离子做起来,不一定结果可靠。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
2楼2010-03-13 17:20:24
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hug_wind

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
zdm658(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-15 09:58
利用GOLD进行分子对接可以实现你的目的。
[1] 在准备蛋白文件时就要考虑金属离子,例如配位构型,打断与配位原子的键连
[2] 在分子对接时,还可以加入约束条件(例如距离约束等),使得对接结果中的配体小分子必须与金属配位
3楼2010-03-15 09:56:14
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hug_wind

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-15 11:02
zdm658(金币+1):太好了,谢谢分享 2010-03-15 15:26
再插一句,Chen, D.等人专门比较过包含金属离子的分子对接,AutoDock结果较好,但我没有用过AutoDock,楼主可以自己研究一下。

附参考文献:

Chen, D., Menche, G., Power, T.D., Sower, L., Peterson, J.W. and Schein, C.H. (2007) "Accounting for ligand-bound metal ions in docking small molecules on adenylyl cyclase toxins." Proteins, 2007. 67(3): 593-605.

作者比较了AutoDock 3.05., LigandFit/Cerius2 4.10 and FlexX (in SYBYL 7.0)
4楼2010-03-15 10:10:08
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cy2003

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
zdm658(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-30 11:14:15
我用cdocker做过配体是单个金属离子的……结果就是基本只考虑了静电力作用和范德华力这种非键作用,是不考虑配位键这种与电子有关的性质的。不过我这里的DS没有买QM
5楼2010-05-30 10:13:54
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hopetravel

铁杆木虫 (职业作家)

小人物


zdm658(金币+1):谢谢参与
能给我个ds基础使用教程吗?刚安装上还不晓得怎么用呢
邮箱459137006@qq.com

[ Last edited by hopetravel on 2010-6-19 at 21:20 ]
6楼2010-06-19 21:19:09
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chemozhang

木虫 (正式写手)

帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集
故地如重游月圆更寂寞
7楼2011-09-05 20:21:41
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chemozhang

木虫 (正式写手)

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故地如重游月圆更寂寞
8楼2011-09-05 20:21:44
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zdm658(金币+1): 谢谢参与
9楼2014-03-21 14:58:25
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