24小时热门版块排行榜    

查看: 3842  |  回复: 8

zdm658

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】求助: DS中的小分子对接可以考虑金属离子的作用吗 已有2人参与

小妹刚刚接触DS,望各位大侠给予指点!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Discovery Studio 常见问题及使用教程 分子对接问题锦集 分子对接 精华帖转载

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
zdm658(金币+1):谢谢参与
zdm658(金币+2):多谢指点!请问能说得详细点吗?因为我的体系中的金属离子与配体形成配位作用,现在也想筛选能形成这种配位作用的分子,听说GOLD可以实现这个操作!不知道是什么原理? 2010-03-13 23:14
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-14 12:57
金属离子做起来,不一定结果可靠。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
2楼2010-03-13 17:20:24
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hug_wind

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
zdm658(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-15 09:58
利用GOLD进行分子对接可以实现你的目的。
[1] 在准备蛋白文件时就要考虑金属离子,例如配位构型,打断与配位原子的键连
[2] 在分子对接时,还可以加入约束条件(例如距离约束等),使得对接结果中的配体小分子必须与金属配位
3楼2010-03-15 09:56:14
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hug_wind

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-15 11:02
zdm658(金币+1):太好了,谢谢分享 2010-03-15 15:26
再插一句,Chen, D.等人专门比较过包含金属离子的分子对接,AutoDock结果较好,但我没有用过AutoDock,楼主可以自己研究一下。

附参考文献:

Chen, D., Menche, G., Power, T.D., Sower, L., Peterson, J.W. and Schein, C.H. (2007) "Accounting for ligand-bound metal ions in docking small molecules on adenylyl cyclase toxins." Proteins, 2007. 67(3): 593-605.

作者比较了AutoDock 3.05., LigandFit/Cerius2 4.10 and FlexX (in SYBYL 7.0)
4楼2010-03-15 10:10:08
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cy2003

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
zdm658(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-30 11:14:15
我用cdocker做过配体是单个金属离子的……结果就是基本只考虑了静电力作用和范德华力这种非键作用,是不考虑配位键这种与电子有关的性质的。不过我这里的DS没有买QM
5楼2010-05-30 10:13:54
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hopetravel

铁杆木虫 (职业作家)

小人物


zdm658(金币+1):谢谢参与
能给我个ds基础使用教程吗?刚安装上还不晓得怎么用呢
邮箱459137006@qq.com

[ Last edited by hopetravel on 2010-6-19 at 21:20 ]
6楼2010-06-19 21:19:09
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)

帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集
故地如重游月圆更寂寞
7楼2011-09-05 20:21:41
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)

帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《Discovery Studio 常见问题及使用教程
故地如重游月圆更寂寞
8楼2011-09-05 20:21:44
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zdm658(金币+1): 谢谢参与
9楼2014-03-21 14:58:25
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zdm658 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +10 医学老男孩 2026-08-13 27/1350 2026-08-13 21:43 by chemsynth
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +14 documentary 2026-08-10 16/800 2026-08-13 16:39 by 润生71
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 11/550 2026-08-13 10:40 by ZH远山
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +22 Lanmanbaby 2026-08-09 36/1800 2026-08-12 22:50 by sdfapple719
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
信息提示
请填处理意见