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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】求助: DS中的小分子对接可以考虑金属离子的作用吗
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zdm658

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】求助: DS中的小分子对接可以考虑金属离子的作用吗 已有2人参与

小妹刚刚接触DS，望各位大侠给予指点！
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1楼 2010-03-12 13:25:06
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
zdm658(金币+1):谢谢参与
zdm658(金币+2):多谢指点!请问能说得详细点吗?因为我的体系中的金属离子与配体形成配位作用,现在也想筛选能形成这种配位作用的分子,听说GOLD可以实现这个操作！不知道是什么原理？ 2010-03-13 23:14
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-14 12:57
金属离子做起来，不一定结果可靠。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
2楼2010-03-13 17:20:24
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hug_wind

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
zdm658(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-15 09:58
利用GOLD进行分子对接可以实现你的目的。
[1] 在准备蛋白文件时就要考虑金属离子，例如配位构型，打断与配位原子的键连
[2] 在分子对接时，还可以加入约束条件（例如距离约束等），使得对接结果中的配体小分子必须与金属配位
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3楼2010-03-15 09:56:14
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hug_wind

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-15 11:02
zdm658(金币+1):太好了,谢谢分享 2010-03-15 15:26
再插一句，Chen, D.等人专门比较过包含金属离子的分子对接，AutoDock结果较好，但我没有用过AutoDock，楼主可以自己研究一下。

附参考文献：

Chen, D., Menche, G., Power, T.D., Sower, L., Peterson, J.W. and Schein, C.H. (2007) "Accounting for ligand-bound metal ions in docking small molecules on adenylyl cyclase toxins." Proteins, 2007. 67(3): 593-605.

作者比较了AutoDock 3.05., LigandFit/Cerius2 4.10 and FlexX (in SYBYL 7.0)
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4楼2010-03-15 10:10:08
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cy2003

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
zdm658(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-30 11:14:15
我用cdocker做过配体是单个金属离子的……结果就是基本只考虑了静电力作用和范德华力这种非键作用，是不考虑配位键这种与电子有关的性质的。不过我这里的DS没有买QM
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5楼2010-05-30 10:13:54
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hopetravel

铁杆木虫 (职业作家)

小人物
★
zdm658(金币+1):谢谢参与
能给我个ds基础使用教程吗?刚安装上还不晓得怎么用呢
邮箱459137006@qq.com

[ Last edited by hopetravel on 2010-6-19 at 21:20 ]
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6楼2010-06-19 21:19:09
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
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故地如重游月圆更寂寞
7楼2011-09-05 20:21:41
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chemozhang

木虫 (正式写手)
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故地如重游月圆更寂寞
8楼2011-09-05 20:21:44
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@漂洋过海@
★
zdm658(金币+1): 谢谢参与
9楼2014-03-21 14:58:25
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