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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS 做分子对接
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sunmuer

木虫 (小有名气)

[求助] DS 做分子对接

用DS做蛋白质和抑制剂的对接 抑制剂一般都是小分子 在做对接前需要对这两种物质怎么处理呢
用不用能量优化一下呢
在网上下载的pdb格式的蛋白质一般都是复合物 怎么才能把其中的小分子除掉呢
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出清水而不染
1楼2012-02-24 09:17:26
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hyb181117

捐助贵宾 (小有名气)
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-24 20:47:26
用pyMOL打开PDB文件后，选中小分子，然后extract objiect,将剩余的pdb文件重新保存就可以了
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4楼2012-02-24 19:24:33
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-24 16:25:43
sunmuer(金币+2): 2012-02-25 19:31:48


用DS，直接在图中“复制、粘贴”的地方，
剪切、删除小分子->存盘，得蛋白质
剪切、删除蛋白质->存盘，得小分子
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2楼2012-02-24 16:05:02
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
sunmuer(金币+1): 2012-02-25 19:31:55
也可以把PDB 文件导入VMD

mol load pdb XX.pdb
set sel [atomselect top "XXXXX"]   
$sel writepdb newXX.pdb

XX 是你所下载的pdb的文件名
XXXXX 是你所需要保持的蛋白质部分
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3楼2012-02-24 16:29:00
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