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xiaobao7365

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】DS分子对接为什么出现0pose 已有10人参与

看了别人说的0pose,有的人说口袋太大,有的人口袋太小,我都试过,而且都试了所有DS的对接模块,都是0pose,而且这个配体小分子是该蛋白晶体复合物的结构,,苦恼死了,请各位大侠指导下~~~
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yylazy

银虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
改变参数设置,Orientations to Refine  
Maximum Bad Orientations                800
Orientation vdW Energy Threshold     300
这两项参数往大了调!
希望对你有帮助
11楼2012-08-07 09:00:10
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普通回帖

xiaobao7365

新虫 (初入文坛)

我试了两天两夜,都没睡觉。。。还是找不到问题。。。晕。。
2楼2010-10-16 08:42:50
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xiaobao7365

新虫 (初入文坛)

没人回答,郁闷。。。
3楼2010-10-16 17:42:13
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wdali

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
你用的是什么对接方式啊?
统治这个世界的是想象力
4楼2010-10-20 09:34:49
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-13 22:16:20
是不是受体或者配基没处理好?没加力场?
5楼2010-12-13 20:09:30
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manutdking

木虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-14 17:12:53
这个得看你用的是哪个对接模块,你这种情况可能是和活性口袋的入口狭窄有关,然后加上配体构象搜索得到的构象也不好,所以就没有合适的构象能够进入活性口袋,改变参数增加计算量试试吧。
6楼2010-12-13 23:21:22
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chemozhang

木虫 (正式写手)

帖子真精彩!
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故地如重游月圆更寂寞
7楼2011-09-05 20:00:00
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chemozhang

木虫 (正式写手)

帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集
故地如重游月圆更寂寞
8楼2011-09-05 20:00:03
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李晓溪

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
我做的也是小分子和蛋白的对接,是用CDOCKER做的,如果你的晶体里提到的活性位点残基较多就应该把球半径设大点,然后通过改变球心位置来确定活性区域。
只有不敢想的,没有不敢做的
9楼2011-09-11 14:35:42
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yinxingxu

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我是初学者,还有问题亟待解决啊!!学习学习!
10楼2012-07-04 16:31:00
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