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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS中LigandFit的结果总是0pose，求帮助
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] DS中LigandFit的结果总是0pose，求帮助

想把一个小分子对接到蛋白上，对蛋白已经加力场，去H，对小分子MM2能量最小化。但是对接结果依旧是0，研究了两天未果，请求虫友帮助
谢谢
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1楼 2011-10-23 09:23:03
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blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
cfmzxf84(金币+3): 2011-10-24 10:04:31
cfmzxf84(金币+2): 2011-10-24 10:21:24
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-10-24 10:33:48
尝试一下小分子配体结构中是否存在valence，如果存在，就可能出现0pose
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DS
2楼2011-10-23 20:51:01
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by blue_cat at 2011-10-23 20:51:01:
尝试一下小分子配体结构中是否存在valence，如果存在，就可能出现0pose

你好，我对蛋白valence了，然后用最简单的一个苯环去对接，还是没有成功。不知道是不是蛋白有问题，你能帮我用一个苯环去试试吗，再次感谢
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3楼2011-10-24 10:05:54
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by blue_cat at 2011-10-23 20:51:01:
尝试一下小分子配体结构中是否存在valence，如果存在，就可能出现0pose

另外，分子对接可以做无机盐类的吗？分别由阴离子和阳离子，都不是金属
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4楼2011-10-24 10:23:03
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blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-10-24 17:45:23
没有做过盐的分子对接，个人认为是不需要的，另外，你要给我一下你的活性位点，还有ligandfit有一个特点，就是如果开始的时候蛋白和配体不是在同一个坐标系内的话，比如说配体和蛋白距离很远，也可能出现0pose的情况
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cfmzxf84
DS
5楼2011-10-24 14:36:58
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by blue_cat at 2011-10-24 14:36:58:
没有做过盐的分子对接，个人认为是不需要的，另外，你要给我一下你的活性位点，还有ligandfit有一个特点，就是如果开始的时候蛋白和配体不是在同一个坐标系内的话，比如说配体和蛋白距离很远，也可能出现0pose的情况

你好，活性位点待我先去研究下。这个蛋白是萤光素酶的，对接的时候我用的是DS的find sites from receptor cavities, 这种不行吗？ 新新人才开始接触分子对接，很多东西不懂，谢谢你
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6楼2011-10-24 15:27:17
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blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-10-24 17:45:31
最好是有文献报道，这样准确性高一些
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DS
7楼2011-10-24 17:04:54
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by blue_cat at 2011-10-24 17:04:54:
最好是有文献报道，这样准确性高一些

找到了这个，你看行吗？ 另外分子蛋白以前那个有问题，用下面这个吧，配体先用萘试试。我在另外一个帖子还有个问题，您方便的时候顺便看看，http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3741423&fpage=1。问题较多哈。谢谢
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8楼2011-10-25 14:03:25
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