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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] DS中LigandFit的结果总是0pose,求帮助

想把一个小分子对接到蛋白上,对蛋白已经加力场,去H,对小分子MM2能量最小化。但是对接结果依旧是0,研究了两天未果,请求虫友帮助
谢谢
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blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
cfmzxf84(金币+3): 2011-10-24 10:04:31
cfmzxf84(金币+2): 2011-10-24 10:21:24
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-10-24 10:33:48
尝试一下小分子配体结构中是否存在valence,如果存在,就可能出现0pose
DS
2楼2011-10-23 20:51:01
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by blue_cat at 2011-10-23 20:51:01:
尝试一下小分子配体结构中是否存在valence,如果存在,就可能出现0pose

你好,我对蛋白valence了,然后用最简单的一个苯环去对接,还是没有成功。不知道是不是蛋白有问题,你能帮我用一个苯环去试试吗,再次感谢
3楼2011-10-24 10:05:54
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by blue_cat at 2011-10-23 20:51:01:
尝试一下小分子配体结构中是否存在valence,如果存在,就可能出现0pose

另外,分子对接可以做无机盐类的吗?分别由阴离子和阳离子,都不是金属
4楼2011-10-24 10:23:03
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blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-10-24 17:45:23
没有做过盐的分子对接,个人认为是不需要的,另外,你要给我一下你的活性位点,还有ligandfit有一个特点,就是如果开始的时候蛋白和配体不是在同一个坐标系内的话,比如说配体和蛋白距离很远,也可能出现0pose的情况

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DS
5楼2011-10-24 14:36:58
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by blue_cat at 2011-10-24 14:36:58:
没有做过盐的分子对接,个人认为是不需要的,另外,你要给我一下你的活性位点,还有ligandfit有一个特点,就是如果开始的时候蛋白和配体不是在同一个坐标系内的话,比如说配体和蛋白距离很远,也可能出现0pose的情况

你好,活性位点待我先去研究下。这个蛋白是萤光素酶的,对接的时候我用的是DS的find sites from receptor cavities, 这种不行吗? 新新人才开始接触分子对接,很多东西不懂,谢谢你
6楼2011-10-24 15:27:17
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blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-10-24 17:45:31
最好是有文献报道,这样准确性高一些
DS
7楼2011-10-24 17:04:54
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by blue_cat at 2011-10-24 17:04:54:
最好是有文献报道,这样准确性高一些

找到了这个,你看行吗? 另外分子蛋白以前那个有问题,用下面这个吧,配体先用萘试试。我在另外一个帖子还有个问题,您方便的时候顺便看看,http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3741423&fpage=1。问题较多哈。谢谢

8楼2011-10-25 14:03:25
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