24小时热门版块排行榜    

查看: 1520  |  回复: 8

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】如何利用DS获得已知配基ligand的SD files文件?已有4人参与

如何利用DS获得已知配基ligand的SD files文件?想利用此SD files文件获得受体的活性口袋
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:42
你的意思是在NMR或者X-ray结构上把小分子拿出来存为SD文件吗?
复制到新窗口然后保存sd格式就行了。
2楼2009-12-08 23:21:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

我的意思是,已知受体和配基复合物的PDB文件,以此受体作为靶向受体进行docking,因为必须要定义受体活性位点,我想用这个配基的结合口袋作为“受体活性位点”,所以必须知道此配基ligand的SD files,怎样才能得到这样的文件?
3楼2009-12-09 01:25:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tingjun

木虫 (小有名气)

dock

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-16 14:43
不用知道配体的文件也行,你可以选中配体,然后以此来直接定义受体的活性口袋,定义好后,就可以删掉配体做对接 了。如果你想得到配体的sd文件,可以在DS中选中配体然后只显示配体,将其另存为sd文件,即可,随后在定义活性位点是可以直接将配体拖入去掉配体的蛋白3D窗口,配体会自动找到口袋位置,其坐标还和原来在蛋白质复合物中的一样
4楼2009-12-12 17:35:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tingjun at 2009-12-12 17:35:
不用知道配体的文件也行,你可以选中配体,然后以此来直接定义受体的活性口袋,定义好后,就可以删掉配体做对接 了。如果你想得到配体的sd文件,可以在DS中选中配体然后只显示配体,将其另存为sd文件,即可,随后 ...

谢谢tingjun,用DS好像不能存为SD文件,默认是存为mol文件,我已经成功将LIGAND存为mol文件,然后通过copy-paste的方法插入到纯蛋白PDB文件中了,再次谢谢
5楼2009-12-15 21:19:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chzhbin

金虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xppcomeon at 2009-12-07 20:55:09:
如何利用DS获得已知配基ligand的SD files文件?想利用此SD files文件获得受体的活性口袋

真能熬夜 呵呵
6楼2010-10-05 04:26:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by chzhbin at 2010-10-05 04:26:31:


真能熬夜 呵呵

多注意身体!
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
7楼2010-10-05 07:30:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by chzhbin at 2010-10-05 04:26:31:


真能熬夜 呵呵

不能熬了,这段时间熬夜,皮肤差了好多,呜呜呜呜呜
8楼2010-10-12 18:46:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yinwzi

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
直接把配体拷到一个新的窗口,保存的时候选择SD类型就行了
9楼2013-02-27 15:54:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xppcomeon 的主题更新
普通表情 高级回复(可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 机械哪个期刊好中 +9 姑且随风而去 2024-12-24 16/800 2024-12-29 22:43 by 邹1998
[教师之家] 博士毕业后大多会和博导继续联系,是师恩难忘还是想用导师的资源? +9 akslis2024 2024-12-29 9/450 2024-12-29 21:40 by yangyuzhong4
[考博] 要不要加博导微信 +8 姑且随风而去 2024-12-24 17/850 2024-12-29 21:32 by plumplumgxc
[教师之家] 浙大女生被MIT开除,女生称自己在浙江大学本科阶段就一直用这种方式收集数据发论文 +13 苏东坡二世 2024-12-27 13/650 2024-12-29 21:05 by plumplumgxc
[硕博家园] (常年有效)中外知名高校(QS排名前3)联培 - 招募大模型及强化学习博士生和博士后 +3 cowhorce 2024-12-29 3/150 2024-12-29 18:40 by 55bh@2u5
[教师之家] 是博后,有国自然青年基金,省青年基金,文章5篇左右,能找到个什么样的岗位 +15 Shxjjxjkx 2024-12-27 17/850 2024-12-29 09:07 by Quakerbird
[海外博后] 美国的华人副教授可以用中文交流吗 +3 啊哦呃咦呜吁 2024-12-28 3/150 2024-12-29 04:04 by Fenixknick
[考博] 自己找博士可真难啊 +14 鸡腿啦啦啦 2024-12-23 22/1100 2024-12-28 23:30 by 学员Yuy89B
[硕博家园] 只想摆烂 +17 s150535912 2024-12-23 33/1650 2024-12-28 23:06 by s150535912
[考博] 25考博中,寻找愿意接收的博导 +3 odhg 2024-12-23 4/200 2024-12-28 18:15 by flyingfuwan
[考研] 电子科技大学光电探测与传感研究团队研究生招生(接收调剂) +4 JacksLi 2024-12-24 9/450 2024-12-28 14:21 by JacksLi
[育儿交流] +10 0908022111 2024-12-24 11/550 2024-12-27 14:35 by 珀斯20
[考博] HIT研三申博自荐-超快激光应用方向 +9 天天yyds 2024-12-25 12/600 2024-12-27 14:17 by 明海天涯
[硕博家园] 膜截留分子量曲线拟合 +6 yfdqyr 2024-12-25 7/350 2024-12-26 22:54 by hzlhm
[考博] 材料一篇一区两篇二区求博导推荐! +3 11zwhy 2024-12-23 3/150 2024-12-26 14:26 by firen2020
[考研] 西安电子科技大学 图情 +4 五官在线 2024-12-25 5/250 2024-12-25 23:17 by r50@zifb
[论文投稿] 求助,要不要根据审稿人的要求引用他们的文献? 20+3 angel8533 2024-12-24 7/350 2024-12-24 22:32 by nono2009
[硕博家园] 南京大学金融科技研究中心诚招会计审计财务分析方面的顾问专家(可远程兼职) +4 cowhorce 2024-12-23 5/250 2024-12-24 08:34 by cowhorce
[论文投稿] 污染物降解的矿化特性 +9 透明的心sky 2024-12-23 12/600 2024-12-24 00:42 by 透明的心sky
[硕博家园] 电池检测Sci 期刊推荐 +3 设置昵称不 2024-12-23 3/150 2024-12-23 20:40 by q74prt@q
信息提示
请填处理意见