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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何利用DS获得已知配基ligand的SD files文件？
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】如何利用DS获得已知配基ligand的SD files文件？ 已有4人参与

如何利用DS获得已知配基ligand的SD files文件？想利用此SD files文件获得受体的活性口袋
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1楼 2009-12-07 20:55:09
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:42
你的意思是在NMR或者X-ray结构上把小分子拿出来存为SD文件吗？
复制到新窗口然后保存sd格式就行了。
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2楼2009-12-08 23:21:10
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
我的意思是，已知受体和配基复合物的PDB文件，以此受体作为靶向受体进行docking，因为必须要定义受体活性位点，我想用这个配基的结合口袋作为“受体活性位点”，所以必须知道此配基ligand的SD files，怎样才能得到这样的文件？
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3楼2009-12-09 01:25:07
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tingjun

木虫 (小有名气)

dock

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-16 14:43
不用知道配体的文件也行，你可以选中配体，然后以此来直接定义受体的活性口袋，定义好后，就可以删掉配体做对接 了。如果你想得到配体的sd文件，可以在DS中选中配体然后只显示配体，将其另存为sd文件，即可，随后在定义活性位点是可以直接将配体拖入去掉配体的蛋白3D窗口，配体会自动找到口袋位置，其坐标还和原来在蛋白质复合物中的一样
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4楼2009-12-12 17:35:16
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tingjun at 2009-12-12 17:35:
不用知道配体的文件也行，你可以选中配体，然后以此来直接定义受体的活性口袋，定义好后，就可以删掉配体做对接 了。如果你想得到配体的sd文件，可以在DS中选中配体然后只显示配体，将其另存为sd文件，即可，随后 ...

谢谢tingjun，用DS好像不能存为SD文件，默认是存为mol文件，我已经成功将LIGAND存为mol文件，然后通过copy-paste的方法插入到纯蛋白PDB文件中了，再次谢谢
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5楼2009-12-15 21:19:40
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chzhbin

金虫 (职业作家)
★
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引用回帖:
Originally posted by xppcomeon at 2009-12-07 20:55:09:
如何利用DS获得已知配基ligand的SD files文件？想利用此SD files文件获得受体的活性口袋

真能熬夜 呵呵
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6楼2010-10-05 04:26:31
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by chzhbin at 2010-10-05 04:26:31:


真能熬夜 呵呵

多注意身体！
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
7楼2010-10-05 07:30:36
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by chzhbin at 2010-10-05 04:26:31:


真能熬夜 呵呵

不能熬了，这段时间熬夜，皮肤差了好多，呜呜呜呜呜
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8楼2010-10-12 18:46:53
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yinwzi

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
直接把配体拷到一个新的窗口，保存的时候选择SD类型就行了
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9楼2013-02-27 15:54:06
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